Hlavním cílem ELI Beamlines je být multidisciplinární, uživatelsky orientovanou výzkumnou infrastrukturou k realizaci revolučních vědeckých experimentů a aplikaci v různých oblastech, včetně fyziky a astrofyziky, chemie, biologie, materiálových věd či lékařství díky kombinaci pokročilých synchronizovaných krátkých laserových pulsů s ultravysokou intenzitou a pomocných zdrojů částic či rentgenového záření (X-ray). ELI Beamlines bude poskytovat výzkumné možnosti s širokou škálou špičkových sekundárních zdrojů buzených lasery s ultravysokou intenzitou. Tyto sekundární zdroje, a zejména ty založené na zcela nových koncepcích, budou produkovat pulsy záření nejvyšší intenzity a kvality paprsku, včetně elektromagnetického záření v širokém spektru a nabitých částic, jakými jsou elektrony, protony a ionty. Dá se proto očekávat bohaté spektrum nových aplikací. Výsledky vědeckých experimentů a teoretického výzkumu provedeného členy vědeckých skupin v uplynulém období vedly k výraznému množství publikací ve vysoce hodnocených periodikách (např. Physical Review nebo Physical Review Letters Physics of Plasma). Zejména teoretické výzkumy interakce vysoce intenzivního záření odhalují slibné výsledky pro budoucí experimenty. Množství výpočetních kódů a výpočetních prostředků poskytnutých instalovaným výpočetním clusterem a spolupracujícími výpočetními centry v ČR a v Německu budou dostupné v pomoci uživatelům pro nastavení vhodných parametrů experimentu nebo pro interpretaci možných experimentálních výsledků. ELI má 6 výzkumných aktivit.
Význam velké výzkumné infrastruktury ELI Beamlines Na národní úrovni ČR bylo umístěni ELI Beamlines podpořeno usnesením vlády ČR ze dne 24. listopadu 2008 č. 15141, neboť staví na mimořádně úspěšném dlouhodobém programu výzkumu české fyziky a českého inženýrství a otevírá také nové perspektivy dalším oblastem výzkumu. Tato skutečnost byla reflektována taktéž během přípravy Cestovní mapy ČR velkých výzkumných infrastruktur v roce 2010 a návazně v její nynější aktualizaci pro léta 2016 až 2022. Hodnota ELI Beamlines se odráží i v jejím zahrnutí v Národní výzkumné a inovační strategii pro inteligentní specializaci ČR, která klade důraz na rozvoj výzkumu, výchovu nových odborníků a spolupráci se soukromou sférou jednotlivých regionů. Stejně tak implementace ELI Beamlines naplňuje hlavní směry Národní politiky výzkumu, vývoje a inovací ČR na léta 2016-2020, a to zejména s ohledem na vytvoření podmínek pro rozvoj ve světovém měřítku excelentních výzkumných pracovišť, posílení internacionalizace a otevřenosti veřejného výzkumu, zajištění kvalitních lidských zdrojů pro výzkum a spolupráci soukromého a veřejného sektoru VaVal. ELI Beamlines staví rovněž na několika prioritách uvedených v Národních prioritách orientovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, a to obzvláště s důrazem na konkurenceschopnost ekonomiky ČR, udržitelné energetiky či zdraví populace. K tomuto, díky rozsáhlé mezinárodní spolupráci, poskytuje vysoce kvalitní výzkumné pracovníky a stimuluje výzkumné prostředí ČR.
EU Beamlines bude poskytovat nové vzdělávací a školicí možnosti pro celé generace studentů a mladších vědců v oblasti laserů, interakce-světla s hmotou a fotoniky. Konsorcium ELI-CZ bylo založeno s cílem maximalizovat dopad ELI v ČR. Tvoří jej 14 předních univerzit a výzkumných ústavů AV ČR a koordinuje přípravu jednotlivých výzkumných programů, vzdělávacích a školicích programů pro studenty a rozvoj významných technologií.