Program PRODEX je řízen kanceláří ESA PRODEX Office, která sídlí v Nizozemí (ESTEC). Ředitel kanceláře PRODEX je podřízen řediteli vědeckého programu ESA a přímo komunikuje s delegáty jednotlivých členských států. S realizací českého zapojení do projektu musí souhlasit delegace ČR v ESA, tj. Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) a Ministerstvo dopravy (MD), prostřednictvím kterých je program financován ze státního rozpočtu. Zástupci MŠMT a MD zároveň společně tvoří sekretariát Českého výboru PRODEX, odborného poradního orgánu, který posuzuje žádosti o financování z programu PRODEX.
Aktuální informace o programu včetně pravidel posuzování žádostí o financování jsou k dispozici na: https://www.czechspaceportal.cz/prilezitosti-v-esa/volitelne-programy-esa-s-ucasti-cr/program-vyvoje-vedeckych-experimentu-prodex/, případně kontaktujte Ing. Ondřeje Nováka z MŠMT (ondrej.novak@msmt.cz) či Ing. Ondřeje Rohlíka, Ph.D. z MD (ondrej.rohlik@mdcr.cz).