Nový koncept v programu Horizont Evropa přestavují mise  - tedy portfolia akcí v oblasti výzkumu a inovací se zásadním dopadem napříč obory a odvětvími, které by měly být relevantní pro významnou část evropského obyvatelstva. Každá z misí bude mít ambiciózní, jasně definované měřitelné cíle a očekávané dopady dosažitelné ve stanoveném časovém horizontu. Konkrétní zaměření misí vychází z doporučení expertů nominovaných do tzv. výborů misí (Mission boards). Konkrétní mise budou vyhlašovány formou speciálních výzev ve druhém pilíři programu Horizont Evropa.