Idea založit mimouniverzitní badatelské centrum zabývající se výzkumem české literatury vznikla již v 19. století. Literárněvědné bádání podporovala Matice česká i Česká akademie císaře Františka Josefa pro vědy, slovesnost a umění, založená roku 1890 a po roce 1918 působící pod jménem Česká akademie věd a umění (ČAVU). Její III. třída byla věnována filologickým oborům, mezi něž literárněvědná bohemistika přirozeně příslušela, současně IV. třída spravovala živé umění: výtvarné umění, hudbu a literaturu. Akademie sice podporovala badatelské cesty i vydávání odborných knih, přesto již v roce 1899 přišel literární historik Jan Jakubec s návrhem založit novou centrální instituci s regionálními pobočkami, jež by vydávala kritické spisy českých spisovatelů, systematicky shromažďovala bibliografické informace a zastávala by funkce archivní a muzeální. Vytvořila by tak zázemí pro další literárněvědné bádání. Návrh však v této době zůstal ještě nevyslyšen.
Na konci čtyřicátých let 20. století začala ČAVU připravovat svou restrukturalizaci. Existenční ohrožení národa za nacistické okupace (1939–1945) vyvolalo potřebu nově institucionálně zakotvit vědeckou péči o národní kulturu. Jednou z odpovědí na tuto potřebu bylo i založení Ústavu pro českou literaturu, následující nedlouho po založení Ústavu pro jazyk český. Ve spolupráci s Literárněhistorickou společností československou, ustavenou z iniciativy Alberta Pražáka již roku 1934, vznikla začátkem roku 1946 komise na jeho přípravu. Organizační řád ÚČL byl schválen mimořádnou schůzí III. třídy ČAVU 11. června 1947. Literárně teoretický odbor nového ústavu vedl estetik a literární teoretik Jan Mukařovský, za komparatistiku odpovídal slavista Frank Wollmann, odbor pro dějiny české literatury spravoval literární historik Albert Pražák. Ten měl vedle literárněhistorické práce zajišťovat i vydávání české literatury v kritických spisech a soustavnou bibliografickou práci. Nová instituce se však potýkala s nedostatkem prostředků i zaměstnanců; těch měla na konci roku 1949 teprve deset. Od podzimu 1952, kdy byli přijati první tři aspiranti, se ÚČL začal podílet i na výchově nových generací literárních vědců.
V roce 1953 přešel ÚČL do nově založené Československé akademie věd (ČSAV). Ředitelem se stal Jan Mukařovský, jedna z vůdčích osobností pražské školy strukturálně orientované jazykovědy a literární vědy, jejíž platformou byl v předchozích dvou dekádách Pražský lingvistický kroužek. Zástupcem ředitele byl Mukařovského mladší kolega, zakladatel strukturalistické literární historiografie Felix Vodička.
V roce 1953 byl ÚČL přestěhován z Valentinské ulice na Starém Městě (zde působil od roku 1951) do prostor Strahovského kláštera. Ten byl současně rekonstruován pro potřeby Památníku národního písemnictví, pro nějž ÚČL vytvořil na základě vládní objednávky libreto a texty stálé historické expozice, pojaté jako „učebnice“ české literatury pro školu a dům. Normativní koncept pracoviště i úvahy a přípravné práce z doby okupace vedly k rozhodnutí věnovat značnou část kapacity nového pracoviště ediční péči o kánon národní literatury. Pracovníci ÚČL připravili v následujících desetiletích kritická vydání sebraných spisů významných osobností české literatury (K. H. Mácha, J. K. Tyl, Božena Němcová, Jan Neruda, Jiří Wolker, S. K. Neumann, F. X. Šalda) i památek starší české literatury (Výbor z české literatury od počátků po dobu Husovu, Výbor z české literatury doby husitské 1, 2), podíleli se na vydávání Národní knihovny i Knihovny klasiků.
Současně byly v ÚČL připravovány tzv. akademické Dějiny české literatury. Na čtyřech dílech, postihujících vývoj národní literatury od počátků staroslověnského písemnictví na území Velké Moravy v 9. století do druhé světové války, se pracovalo od počátku padesátých do konce šedesátých let. Hlavním redaktorem celého projektu byl Jan Mukařovský. První svazek Dějin, jehož redaktorem byl Josef Hrabák, se stal příkladem aplikace marxistického historického materialismu na vývoj středověké a raně novověké literatury (Starší česká literatura, 1959; autoři: Jiří Daňhelka, Eduard Petrů, Emil Pražák, Jaroslav Kolár). Další svazky pod vedením Felixe Vodičky se metodologicky vracely ke strukturalistickým východiskům (Literatura národního obrození, 1960), respektive v redakci Miloše Pohorského směřovaly k širšímu sociologickému pojetí literatury (Literatura druhé poloviny devatenáctého století, 1961).
Analogický úkol byl postaven před Kabinet pro studium českého divadla, který byl jako součást ÚČL zřízen v roce 1956. Kolektivní Dějiny českého divadla tu začaly vznikat pod redakcí Františka Černého, jejich čtyři svazky vyšly v letech 1968 až 1983 (třetí díl spoluredigovala Ljuba Klosová, čtvrtý Adolf Scherl).
Kulturní politika komunistické strany přikládala humanitním pracovištím nemalý význam, také ÚČL byl proto podroben neustálému ideologickému dohledu. Zejména mladší literární vědci si v druhé polovině padesátých let v atmosféře odeznívajícího stalinismu již uvědomovali vágnost oficiálního marxismu a začali hledat exaktnější podobu literární vědy. Jako inspirativní se jim jevil odkaz meziválečného strukturalismu, zosobněný ředitelem ÚČL (a v řadě případů i jejich učitelem) Janem Mukařovským nebo jeho zástupcem Felixem Vodičkou. Díky Milanu Jankovičovi vznikla tzv. ETELKA – Estetickoteoretický klub, v němž o metodologii literární vědy diskutovali Miroslav Červenka, Mojmír Grygar, Aleš Haman, Jiřina Táborská či Miroslav Kačer.
V roce 1959 musel po aféře s vydáním románu Josefa Škvoreckého Zbabělci ÚČL opustit Josef Vohryzek, který na sebe upozornil jako výrazný literární kritik. Krátce na to byla rozpoutána mediální kampaň proti Mukařovskému. Roku 1962 ho ve funkci ředitele vystřídal předválečný marxistický kritik, literární publicista a ideolog Ladislav Štoll, dosud rektor Institutu společenských věd při ÚV KSČ; jeho zástupcem se stal kritik a publicista Jan Petrmichl.
Stěžejním úkolem ÚČL šedesátých let byla práce na čtvrtém dílu akademických Dějin. Ten se soustředil na literaturu od sklonku 19. století po rok 1945; strukturalistické impulsy se v něm propojovaly se snahou o revizi marxistických dogmat předchozího desetiletí. K vydání knihy však z politických důvodů došlo až po listopadu 1989 (Literatura od konce 19. století do roku 1945, red. Zdeněk Pešat a Eva Strohsová, 1995). Výrazným kulturněpolitickým počinem se již před polovinou šedesátých let stal Slovník českých spisovatelů (1964). Toto zakladatelské dílo vědecky koncipované literární lexikografie vzniklo pod vedením Jiřího Opelíka a Rudolfa Havla a podařilo se do něj prosadit i hesla vybraných exilových spisovatelů.
Mezinárodně respektovanými reprezentanty tzv. druhé generace pražské školy se stali literární estetik a teoretik Milan Jankovič (jeho stěžejní práce z konce šedesátých let, studie Dílo jako dění smyslu, mohla vyjít až v roce 1992) a teoretik a versolog Miroslav Červenka, jehož knižní studie Významová výstavba literárního díla vyšla německy v roce 1978, české vydání se mohlo uskutečnit také až po demokratické revoluci. K druhé generaci pražské školy patřil též literární historik Zdeněk Pešat nebo pozdější zakladatel teorie fikčních světů, naratolog Lubomír Doležel, který v ÚČL po krátkou dobu působil na konci šedesátých let, před svým odchodem do Severní Ameriky. Povědomí o českém strukturalismu ve světě pomáhali v sedmdesátých a osmdesátých letech rozšiřovat i další exulanti z řad někdejších pracovníků ÚČL jako Mojmír Grygar či František Svejkovský.
Ať již vycházely z českého strukturalismu, nebo z jiných estetických, filozofických a literárněvědných pozic, vytvořily vědecké osobnosti profilující se v kontextu šedesátých let – z dosud nejmenovaných kupříkladu Přemysl Blažíček, Jiří Brabec, Miroslav Kačer, Ludmila Lantová, Jiří Opelík, Mojmír Otruba, Břetislav Štorek, Zina Trochová či Radko Pytlík – řadu individuálních knih, proměňujících obraz české literární vědy a literární historie. Příkladem mohou být monografie věnované jednotlivým spisovatelským osobnostem od Mojmíra Otruby (Božena Němcová, 1962), Jiřího Opelíka (Josef Čapek, 1980), Zdeňka Pešata (Jaroslav Seifert, 1991) nebo interpretační studie Přemysla Blažíčka (Haškův Švejk, 1991) a Milana Jankoviče (Kapitoly z poetiky Bohumila Hrabala, 1996). Práce ÚČL v oblasti praktické textologie byla zhodnocena vydáním základní příručky Editor a text (1971). Zde kolektiv autorů pod vedením Rudolfa Havla a Břetislava Štorka propojil zkušenosti vydavatelů moderní novočeské literatury s inspirací editologií pražské školy.
Koncepční spory mezi proponenty triviálního marxismu a strukturalismu vyvrcholily za pražského jara. V roce 1968 byl Ladislav Štoll nucen z ÚČL odejít a ředitelem se stal Felix Vodička, zastupovaným Zdeňkem Pešatem. Realizaci Vodičkovy nové, vědecky vyhraněné koncepce ÚČL zabránily politické změny po sovětské invazi do Československa v srpnu 1968.
V roce 1970 se stal ředitelem romanista Vladimír Brett, jehož úkolem bylo ústav strukturalismu zbavit. ÚČL byl sloučen s Ústavem jazyků a literatur a přejmenován na Ústav pro českou a světovou literaturu ČSAV (ÚČSL). Z politických důvodů muselo z instituce odejít šestnáct pracovníků. V roce 1972 se funkce ředitele znovu ujal Ladislav Štoll; zástupkyní se stala Hana Hrzalová, která stála v čele ústavu od Štollovy smrti až do konce roku 1989. Ač personální změny ústav tvrdě zasáhly, stále v něm vládla liberálnější atmosféra než na řadě jiných humanitních pracovišť. Výrazné badatelské osobnosti, které mohly na pracovišti zůstat, byly přinuceny se stáhnout do pozadí, to ovšem paradoxně nahrálo nové orientaci pracoviště na systematickou encyklopedistickou práci.
Na předchozí Opelíkův a Havlův Slovník českých spisovatelů navázal monumentální projekt Lexikonu české literatury 1–4 (1985–2008). Ve čtyřech dílech, respektive sedmi svazcích, Lexikon nabízí 3500 hesel o jednotlivých jevech historie české literatury od jejích staroslověnských a latinských počátků až do poloviny 20. století. Lexikon obsahuje vedle personálních hesel i hesla věcná, pojednávající o časopisech, nakladatelstvích, spolcích či anonymních dílech starší literatury. Na Lexikonu pracovaly pod vedením Vladimíra Forsta, Jiřího Opelíka a Luboše Merhauta tři generace pracovníků ÚČL spolu s desítkami externistů.
Dokladem toho, že navzdory okolnostem pokračovala komunikace mezi lidmi, kteří v ústavu pracovali, a těmi, kteří museli z politických důvodů odejít, byly nejen neformální diskuse tzv. medvědářů, jež pravidelně organizoval Jaroslav Kolár, ale také například Slovník básnických knih (vydán až roku 1990). Jeho autory byli nejen Vladimír Macura, Zdeněk Pešat a Jaroslav Med, tedy zaměstnanci ÚČL, ale i Miroslav Červenka, náležící mezi osobnosti z ústavu v období tzv. normalizace vyhnané.
Generačně mladší ohnisko vědecké iniciativy, hledající již svá metodologická východiska nebo jejich rozhodující část vně teoretického rámce pražské školy, v kulturní sémiotice, tematologii, historické poetice či teorii vyprávění, vzniklo v sedmdesátých a osmdesátých letech v oddělení teorie tehdejšího ÚČSL, kde se sešli Daniela Hodrová, Jiří Holý, Pavel Janoušek, Václav Koenigsmark, Vladimír Macura a další. Výsledkem práce tohoto oddělení byl Slovník literární teorie (1977, přepracované vydání 1984). Ten sice vyšel pod jménem Štěpána Vlašína, jeho výslednou podobu však anonymně ovlivnila Jiřina Táborská a z ÚČL propuštěný Miroslav Kačer. Pod Macurovým vedením vznikl Slovník světových literárních děl (1988) či Průvodce po světové literární teorii (1988, vydán pod jménem vedoucího oddělení Milana Zemana). Druhou linii práce tehdejšího oddělení teorie utvářel výzkum historické poetiky. Jeho prvním výsledkem byla přelomová kolektivní práce Poetika české meziválečné literatury, věnovaná příznačným žánrům tohoto období (1988, ed. Daniela Hodrová). Z oddělení vzešly také významné individuální monografie: Znamení zrodu Vladimíra Macury (1983), Rozměry dramatu Pavla Janouška (1989), Hledání románu Daniely Hodrové (1989) atd.
V rámci ÚČSL pokračovaly rovněž práce teatrologické (Eva Šormová, Vladimír Just, Adolf Scherl, Jan Pömerl). Probíhala zde funkční komunikace bohemistů s pracovníky orientovanými na studium jiných literatur, především s mladšími pracovníky oddělení západních literatur soustřeďujícími se na problematiku romantismu (Zdeněk Hrbata, Martin Procházka).
Po listopadu 1989 se ředitelem ÚČSL stal Zdeněk Pešat, jeho zástupcem Vladimír Macura. Jejich záměrem bylo propojení výzkumu české literatury a českého divadla s výzkumem literatur světových. Do ústavu se vrátila řada perzekvovaných pracovníků (Miroslav Červenka, Milan Jankovič, Jiří Brabec aj.) a pracoviště se otevřelo rozmanitým teoretickým impulsům. Tento koncept ústavu však narazil na redukci Akademie věd České republiky (AV ČR) v letech 1992–1993. Z ústavu musely odejít tři desítky badatelů, bez náhrady byla zrušena oddělení světových literatur a teatrologie. Důsledkem byla vynucená „bohemizace“ pracoviště a návrat k tradičnímu názvu Ústav pro českou literaturu. Role ÚČL jako přirozeného organizačního centra vlastního vědního oboru se odrazila v uspořádání I. kongresu světové literárněvědné bohemistiky (1995), kde se poprvé od pádu berlínské zdi sešli bohemisté ze všech částí dříve rozděleného světa.
Badatelské centrum postupně vedené ředitelem Vladimírem Macurou (1992–1999) a Pavlem Janouškem (1999–2010) muselo dokončit rozsáhlý kolektivní úkol, jakým byl Lexikon české literatury. Zároveň na něj navázalo dvojicí prací věnovaných poválečné literatuře, které do demokratické revoluce nemohly být kvůli cenzurním a kulturně politickým omezením adekvátně realizovány. Nejprve šlo o Slovník českých spisovatelů od roku 1945 1–2 (ed. Pavel Janoušek, 1995 a 1998) a související Slovník českých literárních časopisů, periodických literárních sborníků a almanachů 1945–2000 (ed. Blahoslav Dokoupil, 2002). Na slovníkové zpracování literatury období státního socialismu navázaly čtyřdílné Dějiny české literatury 1945–1989 (2007–2008) a jejich jednosvazkové shrnutí v podobě Přehledných dějin české literatury 1945–1989 (2012). Pod vedením Pavla Janouška položil autorský kolektiv důraz na dějiny literární komunikace zasazené do širokého historického kontextu a věnoval samostatné kapitoly nejen jednotlivým literárním druhům (poezie, próza, drama), ale rovněž podobám literárního provozu, populární literatuře nebo literárnímu vysílání televize či rozhlasu.
Vyvrcholením studia historické poetiky se stalo třísvazkové dílo Poetika literárního díla 20. století, na němž v druhé polovině devadesátých let a na přelomu tisíciletí pracovalo oddělení teorie (Daniela Hodrová a kol. …na okraji chaosu, 2001; Miroslav Červenka, Milan Jankovič, Marie Kubínová a Marie Langerová: Pohledy zblízka: Zvuk, význam, obraz, 2002; Miroslav Červenka, Daniela Hodrová, Zdeněk Hrbata aj.: Na cestě ke smyslu, 2005).
Publikací několika knižních výstupů (zejména třísvazkového souboru Milan Jankovič – Marie Kubínová – Jan Matonoha: Text v pohybu, 2009) byl na konci „nulté“ dekády uzavřen projekt výzkumu poetiky textu: poslední z projektů, na nichž se v ÚČL pracovalo od devadesátých (v případě Lexikonu české literatury dokonce již sedmdesátých) let.
Kromě vlastní badatelské práce se od listopadu 1989 ÚČL programově otevíral veřejnosti, které nabídl jak fondy své specializované knihovny, tak řadu digitálních archivů, databází, knihoven, slovníků a dalších internetových služeb. Počet návštěv těchto serverů překročil v roce 2013 hranici 1 milionu ročně.
Roku 1996 započalo konzultacemi s tvůrci britské The English Poetry Fulltext Database budování České elektronické knihovny. Pod vedením Blanky Svadbové byla založena a zpracována plnotextová knihovna zahrnující českou knižně vydanou poezii od sklonku 18. století do první světové války. Kromě bezplatného přístupu k více než 1700 knihám poskytuje internetové nástroje pro vyhledávání motivů v jejich textech apod.
Ještě pokročilejší sadu softwarových nástrojů nabízí v současnosti Korpus českého verše, největší automaticky popsaný soubor textů národní poezie na světě, který je v ÚČL budován od roku 2012 právě s využitím dat České elektronické knihovny (teoretický návrh a softwarové řešení Robert Kolár – Petr Plecháč).
On-line Slovník české literatury po roce 1945 (Michal Přibáň a kol.), chronologicky navazující na Lexikon české literatury, obsahuje v současnosti více než 1500 hesel spisovatelů, časopisů, nakladatelství, samizdatových edic a literárních institucí.
Středisko literárněvědných informací ÚČL zdigitalizovalo v období po roce 2010 Retrospektivní bibliografii české literatury 1775–1945, konvertovalo své bibliografické sbírky i katalogy knihoven do relačního systému Aleph, retrospektivně doplnilo oborovou literární bibliografii o excerpci z let 1945–1960, zahájilo zpracování článkové bibliografie samizdatu a rozšířilo excerpční profil oborové literární bibliografie o publikační platformy na internetu.
Tradice, rozsah i kvalita bibliografické činnosti prováděné v ÚČL byly oceněny MŠMT. To zařadilo svazek databází, sbírek, softwarových nástrojů a personálních kapacit bibliografického a archivního oddělení Střediska literárněvědných informací pod názvem Česká literární bibliografie na mapu velkých výzkumných infrastruktur ČR pro období 2016–2022.
V roce 2010, ve dnech konání IV. kongresu světové literárněvědné bohemistiky, byl ředitelem ÚČL jmenován Pavel Janáček. V následujícím roce byla dokončena výstavba nové struktury ústavu, založená na třech historických odděleních (starší literatura, 19. století, 20. století a literatura současná) a na specializovaných odděleních pro teorii literatury, textologii, lexikografii a literární sociologii. Každé z oddělení zahájilo zároveň práci na nových kolektivních i individuálních projektech.
V nové struktuře se ÚČL profiloval sérií „velkých“ knih, publikovaných postupně od roku 2013: Průvodce po světové literární teorii 20. století (druhé, rozšířené a přepracované vydání, red. Alice Jedličková), kritické vydání Hájkovy Kroniky české (ed. Jan Linka), interpretační slovník současné literatury V souřadnicích mnohosti (red. Alena Fialová), historicko-bibliografická kompendia Česká literární nakladatelství 1949–1989 a Český literární samizdat 1949–1989 (oboje red. Michal Přibáň), projekt Kritické hybridní edice (doposud Dílo Františka Gellnera, Slezské písně Petra Bezruče a Máj K. H. Máchy), kritická antologie Rukopisy královédvorský a zelenohorský a česká věda, 1817–1885 (Dalibor Dobiáš a kol.), Dějiny československého komiksu 20. století (Pavel Kořínek a kol.) a dějiny literární cenzury od osvícenství do současnosti v podobě knihy V obecném zájmu (Michael Wögerbauer a kol.).
Náčrt dějin ústavu na těchto webových stránkách vychází z textu volně šířené brožury Literárněvědná bohemistika a ÚČL (2015, česká verze v PDF ke stažení zde, anglická verze zde).
Historii ústavu, jeho vědecké činnosti i organizačním proměnám se podrobně věnuje kniha K historii Ústavu pro českou literaturu AV ČR, která vyšla v roce 2012 jako volně šířená ekniha (formát EPUB). Jedná se o opravené a aktualizované vydání knižního sborníku Ústav pro českou literaturu AV ČR, v. v. i. (2010).
K 70. jubileu vyšla publikace nazvaná 11. 6. 1947. Založení Ústavu pro českou literaturu v dokumentech, přibližující přípravy a první rok existence ÚČL (publikace je šířena volně v tištěném vydání a elektronicky ve formě pdf).
