Anotace: Projekt si klade následující cíle: 1) Odhalit strukturu komplexu Abp genů u volně žijících příslušníků obou poddruhů (M. m. musculus a M. m. domesticus) a jejich přirozených hybridů pomocí nové technologie sekvenování dlouhých úseků a na základě jeho výsledků vytvořit zpřesněnou referenční sekvenci lépe popisující zájmovou oblast. 2) Zjistit, které kombinace různých duplikovaných nebo deletovaných genových bloků vzniklých u Mmd (a chybějících u Mmm) během posledních dvou sérií nealelických homologních rekombinací se vyskytují v centru hybridní zóny. 3) Určit míru, v jaké míře jednotlivé paralogy i pseudogeny pronikají přes zónu, a porovnat ji s introgresí jiných částí genomu, které jsou selektivně neutrální nebo naopak pod silnou selekcí. Ze získaných dat odhadnout míru selekce proti hybridům, fitness a další klíčové evoluční parametry. 4) Dvěma nezávislými metodami (read-depth, ddPCR) odhadnout počet kopií jednotlivých Abp paralogů a testovat hypotézu, že jejich proměnlivost je napříč hybridní zónou aditivní (alternativní hypotéza předpokládá nelineární průběh, např. zvýšený počet počtu kopií v jejím centru). 5) Zjistit (i) zda populace mimo zónu vykazují podobné vzorce exprese genů jako u kmene C57BL/6J, tj. identifikovat soubor Abp genů exprimovaných jako transkripty a translatovaných do proteinů v slzách i slinách; (ii) zda, případně do jaké míry jsou tyto vzorce u hybridů rozrušeny; (iii) zda můžeme disruptivní důsledky hybridizace, pokud k nim dochází, vztáhnout k blokům genů, které přecházejí/nepřecházejí přes zónu.

Registrační číslo: LTAUSA18178

Doba řešení: 1.1. 2019 – 31.12. 2022

Řešitel: prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.    Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

VÍCE +