Granty
Granty
Projekty v řešení a v udržitelnosti
GA ČR
Název projektu: Asexualitou k polyploidii, evoluce klonálních genomů a jejich interakce s prostředím
Anotace: Hybridizace a polyploidizace mohou otevřít jedinečnou příležitost pro speciaci a obsazení nového prostředí. Je známo, že genomy hybridů procházejí značnými změnami, kdy je často preferenčně eliminován jeden rodičovský genom během procesu ztráty heterozygotnosti (LOH) a frakcionace genomu. Odhalení podstaty těchto procesů je jedním z nejžhavějších témat současné biologie i aplikovaného výzkumu. Stále je však obtížné dospět k obecným závěrům a zákonitostem. Obzvláště, když hybridizace a polyploidie jsou běžně spojeny s asexuální (klonální) reprodukcí, která vyvolává genomické změny, jež často nemají obdobu v klasických pohlavních reprodukčních režimech. Tento projekt se zaměřuje na ryby podřádu Cobitoidei jako modelu ke studiu osudu zvířat a jejich genomů poté, co projdou křížením a polyploidizací. Je založen na robustním srovnávacím rámci napříč širokými fylogenetickými měřítky a kontrasty mezi nezávisle vznikajícími liniemi.
Registrační číslo: 21-25185S
Doba řešení: 1. 1. 2021 – 31. 12. 2023
Řešitel: Mgr. Karel Janko Ph.D. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Spoluřešitel: Mgr. Jan Pačes Ph.D. Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Název projektu: Programovaná eliminace DNA: studium funkcí a mechanismů regulují proces v genomech živočichů s hemikonální dědičností
Anotace: Stabilita genomu je pro organismy vysoce důležitá, zejména pro udržení přesně vyladěné funkčnosti jejich genomů. Avšak různá eukaryota realizují programované odstranění DNA, kdy se během individuálního vývoje ztrácí části či celé chromozomy. Ve většině případů je programovaná DNA eliminace spojena buď s diferenciací somatických buněk nebo určením pohlaví. Není však známo, jak k reprodukovatelnému zachování či odstranění segmentů genomu dochází. Navrhovaný projekt má za cíl analyzovat molekulární, chromozomální a genomové mechanismy k pochopení procesů, jakými se ztrácí celé genomy během programované eliminaci DNA. Srovnáním dat ze skupiny ryb (Hypseleotris) a čtyřnožců ( Pelophylax) s hemiklonální dědičností (hybridogeneze) očekáváme zásadní vhled do eliminujících procesů během jejich gametogeneze. Pochopení mechanismů, kterými obratlovci regulují takto rozsáhlé přestavby svého genomu, poskytne porozumění procesům zajišťující stabilitu a změnu v genomech obratlovců.
Registrační číslo: 19-24559S
Doba řešení: 1. 1. 2019 – 31. 12. 2021
Řešitel: RNDr. Lukáš Choleva, Ph.D. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Název projektu: Vývoj euarzijského sladkovodního systému během cenozoika (rekonstruovaný) v kontinentálním měřítku
Anotace: V rámci projektu se chceme věnovat evoluci eurazijské sladkovodní fauny ve velkém geografickém (celý kontinent) a časovém měřítku (celé cenozoikum). Projekt by měl ukázat hlavní události, které ovlivnily sladkovodní faunu v Eurazii a také hlavní geologické a klimatické jevy, které byly za tyto události zodpovědné. Jako modelový organismus budeme používat sladkovodní ryby, které se vyskytují v každé eurazijské řece a byly zde přítomny od začátku cenozoika – ryby čeledi Nemacheilidae (řád Cypriniformes). Metodika kombinuje analýzu velkého množství vzorků pomocí Sangerova sekvenování s analýzou velkého množství dat u vybraných vzorků (pomocí sekvenační metody nové generace). Pokud víme, toto je první projekt zabývající se evoluční historií sladkovodních živočichů v geologicky velmi aktivní oblasti Eurazie během tak dlouhého geologického období. Projekt by měl poskytnout modelovou studii pro další výzkum evoluční historie sladkovodní fauny v Eurazii.
Registrační číslo: 19-18453S
Doba řešení: 1. 1. 2019 – 31. 12. 2021
Řešitel: Mgr Vendula Bohlen-Šlechtová, Ph.D. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Název projektu: Cytogenomika druhových párů afrických anuálních halančíků: unikátní model pro evoluci časných pohlavních chromozómů obratlovců
Anotace: Anuální halančíci rodu Nothobranchius (Teleostei: Nothobranchiidae) jsou unikátní svojí adaptací na dočasná sladkovodní jezera omezená svojí existencí na období děšťů v afrických savanách. Embrya schopná diapuzy, rychlý vývoj a krátká délka života z nich dělá ideální model pro studium různých aktuálních biologických témat. Sekvenovaný genom N. furzeri a známá cytogenetická data naznačují rychlou dynamiku evoluce karyotypu a pohlavních chromozómů v nepřekrývajících se generacích s malou populační velikostí, s výrazným efektem genetického driftu a alopatrické speciace. S ohledem na enormní variabilitu systémů pohlavních chromozómů u dosud studovaných ryb, jejich relativní evoluční „mládí“ a značnou dynamiku, poskytují halančíci unikátní možnost zachytit různé fáze časného vývoje pohlavních chromozómů obratlovců včetně genů determinujících pohlaví a možnost srovnání jejich evoluce v rámci druhových komplexů a sympatrických druhů. Zaměříme se (nejen) na Jižní klád afrických halančíků (sedm druhů). Data budou získána moderními cytogenomickými a transkriptomickými metodami.
Registrační číslo: 19-22346Y
Doba řešení: 1. 1. 2019 – 31. 12. 2021
Řešitel: Mgr. Alexandr Sember, Ph.D. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Název projektu: Sterilita hybridů a asexualita - dvě strany téže mince? Spojitost mezi asexualitou, polyploidií, hybridizací a speciací
Anotace: Druhy jsou základní evoluční jednotky, které se patrně vyvíjejí kontinuálním procesem od snadno křižitelných populací, po entity izolované pomocí pre- a postzygotických mechanismů, jako jsou sterilita a letalita hybridů. Už dlouho se také ví, že asexuální rozmnožování vzniká jako vedlejší produkt hybridizace. Náš recentní výzkum sekavců (Cobitis; Teleostei) ukázal, že asexualita hybridů ve skutečnosti tvoří inherentní stadium speciace s tendencí vznikat při časnějších stádiích diferenciace druhů, než sterilita a letalita. Asexualita tak může představovat primární speciační bariéru. Ukazuje se, nicméně, že asexualita u hybridů vzniká asymetricky; zatímco samice jsou plodné a mají aberaci gametogeneze, která umožní obejití problémů s párováním chromozomů, samci jsou sterilní, tuto aberaci nemají a díky tomu u nich dochází k poruchám párování chromozomů a meiotickému arestu. Projekt prozkoumá vztah mezi hybridní sterilitou a asexualitou a jejich role ve speciaci.
Registrační číslo: 19-21552S
Doba řešení: 1. 1. 2019 – 31. 12. 2021
Řešitel: Mgr. Karel Janko, Ph.D. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Název projektu: Duplikace genomu v evoluci jeseterů a dopad na jejich biologii
Anotace: Současní jeseteři (řád Acipenseriformes), starobylá evoluční linie Actinopterygii, jsou nejpozoruhodnějším příkladem evoluce cestou alopolyploidizace . Během evoluce jeseterů nastaly nejméně tři nezávislé epizody totální duplikace genomu (WGD) spojené s hybridizačními událostmi a jeseteři dnes vykazují nejvyšší ploidní diverzitu mezi všemi obratlovci. Jsouce stále schopni polyploidizace, jeseteři představují vhodný model ke studiu jevu WGD. Tvorbu neredukovaných gamet, u jeseterů rovněž pozorovanou, lze považovat za mechanismus evoluční speciace, na rozdíl od obecné interpretace jako evoluční nehody. Využití jeseterů jako modelu činí projekt aktuálním pro zkoumání evoluce všech obratlovců, stejně jako pro ochranu jeseterů samotných. Výsledky by měly přispět k odkrytí vlivu polyploidie na evoluční úspěšnost a znalosti adaptace polyploidních jedinců na nestálé podmínky prostředí ve srovnání se svými „nepolyploidními“ rodiči nebo sourozenci.
Registrační číslo: 18-09323S
Doba řešení: 1. 1. 2018 – 31. 12. 2021
Řešitel: prof. Ing. Martin Flajšhans, Dr.rer,agr. Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Fakulta rybářství a ochrany vod
Spoluřešitel: Prof. Ing. Petr Ráb, DrSc. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
MŠMT
Název projektu: EXCELENCE molekulárních aspektů časného vývoje obratlovců
Anotace: Projekt je na zaměřen zvýšení úrovně výzkumu Ústavu živočišné fyziologie a genetiky Akademie věd ČR v.v.i. To bude realizováno v letech 2016 -2022 posílením výzkumného týmu žadatele v oblasti výzkumu "Molekulární aspekty časného vývoje u obratlovců". Zvýšení kvality výzkumu na evropskou úroveň bude zajištěno nově vzniklým progresivním týmem kolem uznávaného zahraničního experta a rozvojem spolupráce se 3 strategickými zahraničními partnery.
Je spolufinancován Evropskou unií.
Registrační číslo: CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000460
Doba řešení: 1.10. 2016 – 31.10. 2022
Řešitel: Ing. Michal Kubelka, CSc. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
