Přístrojové vybavení Oddělení biofyzikální chemie

A: Hlavní vybavení - přístroje pro pokročilou optickou mikroskopii, spektroskopii a elektrochemii:

1) PicoQuant MicroTime 200

• konfokální časově rozlišený mikroskop s difrakčně limitovaným rozlišením, vhodný pro mikroskopii jednotlivých molekul a nanosekundovým časovým rozlišením.
   
• 4 detekční kanály založené na SPAD detektorech
   
• vícebarevná excitace (pulzně prokládané buzení (PIE))
   
• dostupné excitační vlnové délky: 375, 405, 440, 470, 532, 640 nm
   
• 3D skenování pomocí piezoelektricky ovládaného objektivu s přesností pohybu 10 nm a možností Z-polohování
   
• pozorování fluorescence širokého pole pomocí rtuťové lampy a CCD kamery

2) Modulární konfokální časově rozlišený mikroskop, s difrakčně omezeným prostorovým rozlišením, citlivostí jednotlivých molekul a sub-nanosekondovým časovým rozlišenímresolution

• 2 detekční kanály se SPAD detektory
   
• Dostupné excitační vlnové délky: 375, 405, 440, 470, 532, 640 nm
   
• 3D skenování vzorku s XYZ piezo-kontrolovaným stolkem s přesností 10nm

3) Olympus FluoView1000 MPE, konfokální skenovací mikroskop s jedno- a více-fotonovou excitací

• 3 vestavěné PMT detektory
   
• 2 kanálová detekce vhodná pro více-fotonovou excitaci
   
• 2 přídavné detekční kanály se SPAD detektory se sub-nanosekundovým rozlišením vhodné pro FLIM a FCS
   
• Transmisní detektor
   
• Možnost zobrazování v širokém zorném poli pomocí rtuťové výbojky a barevné CCD kamery
   
• Laditelný Ti Sapphire laser (Coherent Chameleon) pro vícefotonovou excitaci
   
• Dostupné excitační vlnové délky: 470, 488, 532, 640 nm

4) Modulární fluorescenční mikroskop s citlivotí jednotlivých molekul s TIRF objektivem postavený na těle Olympus IX71 a CCD kameře Andor DU897_BV

• Epifluorescenční systém s širokým zorným polem (WF) a možností TIRF iluminace
   
• Rozdělovač obrazu pro dvou-barevnuo detekci anebo dvou-rovinné a astigmatické snímání obrazu
   
• Možnost vysoce-rozlišené mikroskopie (PALM, SOFI)
   
• Možnost měření oligomrizačních rovnováh (TOCCSL-Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling)
   
• Dostupné excitační vlnové délky - 405, 488, 560, 640 nm v CW modu
   
• Kombinovaný  mikrometrový (XY) and nanometrový (XYZ) stolek od firmy MadCityLabs
   

5) Modulární TIRF microskop určený pro "imaging FCS" a sledování jednotlivých částic postavený na těle Olympus IX81 a Andor iXon Ultra 897 BV EMCCD kameře

• Vhodný pro určování oligomerů (TOCCSL - Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling) a sledování jednotlivých částic
   
• Excitační zdroje: Coherent Sapphire 488nm, Lasos 640nm v kontinuálním modu
   
• Rozdělovač obrazu pro dvoubarevnou detekci

6) IBH 5000U - časově-rozlišený spectrofluorimetr

• Založený na metodě Time-Correlated Single-Photon Counting (TCSPC)
   
• Hamamatsu MCP detektor
   
• Široký výběr laserových diod pro pulzní excitaci
   
• Excitační a emisní polarizátory
   
• Kontrola teploty v rozmezí 5-100 ^oC
   
• Měření dohasínání fluorescence, dohasínání anizotropie a měření časově rozlišených spekter

7) PicoQuant FluoTime300 - časově-rozlišený spectrofluorimetr

• Založený na metodě Time-Correlated Single-Photon Counting (TCSPC)
   
• hybridní fotonásobičový detektor
   
• počítačem řízené pulzní laserové diody a LED excitační zdroje
   
• automatizovaná měření pomocí excitačních a emisních polarizátorů
   
• kontrola teploty, kyvetový prostor pro 4 vzorky
   
• měřenín intenzitního dohasínání, dohasínání anisotropie a korigovaných časově rozlišených emisních spekter
   
• integrovaný software pro analýzu dat

8) ModuLab ECS Solartron Analytical (Ametek) - universální programovatelný potenciostat

• v sestavě CHAS08, PSTAT 1MHz, FRA, Femto Ammeter, 2A Booster pro špičková elektrochemická měření

9) Potentiostat/Galvanostat SI 1287A s frekvenčním analyzátorem FRA 1255, Solartron

• Analytical (Ametek) pro špičková impedanční měření

B: Dostupné metody

1) Pokročilé metody pro fluorescenční korelační spektroskopii (FCS) a příbuzné fluktuační metody založené na fluorescenční detekci

• Fluorescence Cross-Correlation Spectroscopy (FCCS)
   
• Fluorescence Lifetime Correlation Spectroscopy (FLCS)
   
• z-scan FCS (vyvinuta v naší laboratoři)
   
• Raster Image Correlation Spectroscopy (RICS)
   
• Nanosecond FCS and Total correlation (FCS from zero lag-time) 

2) Mikroskopické zobrazování doby života - FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy)

• založena na přístupu Time Correlated Single Photon Counting (TCSPC)

3) Mikroskopie využívající excitaci pomocí úplného vnitřního odrazu (Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF))

• mapování oligomerizačních rovnováh (Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling (TOCCSL))
   
• sledování jednotlivých částic (Single Particle Tracking)

4) Techniky vysoce rozlišené mikroskopie

• PALM a SOFI se sub-difrakčním prostorovým rozlišením využívající pokročilé zpracování dat a analýzu shlukování fluoreskujících molekul

5) Analýza mikroskopických dat pomocí "Number&Brightness" a "Antibunching" přístupů

• určování interakce a oligomerizace fluorescenčních molekul

6) Anisotropie fluorescence

• stacionární a časově rozlišená anisotropie, kterou lze měřit jak v kyvetě tak na mikroskopických vzorcích

7) Časově rozlišená emisní spektra (TRES)

• sub-nanosekundový dynamický Stokesův posuv, měření v rozpouštědlech, proteinech, DNA and biomembránách

C: Další pomocné vybavení

1) Fluorescenční stacionární spectrophotometry

• Jobin Yvon SPEX Fluorolog 3
   
• Edinburgh Instruments FS5 

2) Cirkularní Dichroismus (CD)  - spektrofotometr

• Jasco J-1500 s možností měření orientačního CD pro určování orientace peptidů v membránách

3) UV-VIS absorpční spektrometr

• Shimadzu UV2600 s integrační sférou

4) Systémy pro přípravu modelových lipidových dvojvrstev

• unilamelární vesikuly (SUVs, LUVs, GUVs), vesikuly z plasmatické membrány (GPMVs) a podporované  lipidové dvojvrstvy (SPBs)
   
• extrudery Avestin

5) Langmuir-Blodgetovy váhy

• mikrováhy XS (Kibron) umožňují sledovat tvorbu monovrstev a jejich vizualizaci přímo na mikroskopu (dostupná teplotní regulace)

6) Osmometr

• Marcel OS 3000

7) Vybavení pro kultivaci savčích buněk

• laminární flowbox a  2 CO2 inkubátory
   
• mapování stavů buněčných kultur (viabilita, přítomnost mycoplasmatické infekce a stresu, ...)
   
• vybavení pro transfekci buněk pomocí electroporace (NEON system, Invitrogen) a lipofekce
   
• autokláv pro sterilizaci médií a laboratorních potřeb

8) CAM 101 System KSV Instrument Ltd. pro měření povrchového napětí rozhraní kapalina-vzduch a kapalina-kapalina 

9) Laboratorní potenciostaty CH Instrument 900 a 600, PAR 263 a Metrohm AUTOLAB PGSTAT 302 pro elektrochemická měření 

10) Dynamic Signal Analyzer HP 35665A

11) Micropipette Puller Sutter P-2000