Intranet Areál web

Translační metabolismus

Translační metabolismus Translační metabolismus: Překlenutí mezery mezi výzkumem a medicínou v metabolismu

Náš výzkum zahrnuje použití technik založených na hmotnostní spektrometrii k provádění metabolomické a proteomické analýzy různých biologických vzorků. Zabýváme se vývojem a aplikací metod kapalinové chromatografie a kapilární elektroforézy ve spojení s hmotnostní speoktrometrií (LC–MS, CE–MS) pro důkladnou charakterizaci a kvantifikaci komplexních lipidů (lipidom), polárních metabolitů (metabolom), různých exogenních sloučenin jako například složky potravin a léčiva (exposom) a proteinů (proteom). Zaměřujeme se také na zdokonalení zpracování dat, statistické metody a vizualizaci omics dat.

Úspěšně jsme integrovali metody LC–MS pro cílenou a necílenou analýzu lipidů, polárních metabolitů a sloučenin exposomu (LIMeX) pro různé typy vzorků a používáme je pro studie zaměřené na kardiovaskulární onemocnění, diabetes 2. typu, lipogenezi, cirkadiánní rytmy a adherenci k medikamentózní léčbě.

Zkoumáme také proteom lidských zubů a slin a jejich spojitost se zubním kazem. Dále se zabýváme analýzou proteomického složení patologických tkání u onemocnění clubfoot (pes equinovarus, noha kososvislá) a mechanismy remodelace stěny plicních artérií během rozvoje plicní hypertenze. Jsou studovány rovněž posttranslační modifikace proteinů probíhající při stárnutí i chorobách organismu.

PhD Program 2022/2023 - Témata

Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií pro komplexní charakterizaci metabolomu a lipidomu biologických vzorků

Během posledního desetiletí se metabolomika a lipidomika využívající hmotnostní spektrometrii staly klíčovými metodami pro analýzu polární metabolitů a komplexních lipidů v biologických vzorcích (plazma, sérum, moč, tkáně). Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) je nejčastěji používanou technikou v metabolomice a lipidomice umožňující účinnou separaci a detekci širokého spektra metabolitů. Stále však chybí dostatečné informace o složení metabolomu a lipidomu kapalných materiálů a tkání, které mohou být snadno dostupné a použitelné pro budoucí studie. Disertační práce bude zaměřena na vývoj nových postupů pro komplexní charakterizaci metabolomu a lipidomu biologických vzorků jakými jsou (i) slučování cílených a necílených metabolomických a lipidomických metod, (ii) zvýšení pokrytí spektrálních knihoven používaných pro anotování metabolitů, (iii) aplikace programů pro vizualizaci a interpretaci dat získaných v rámci metabolomických a lipidomických analýz. Práce bude realizována na Fyziologickém ústavu AV ČR, v.v.i. a finančně zajištěna projekty GAČR, MŠMT a AZV.

Školitel: T. Čajka (tomas.cajka@fgu.cas.cz)

 

Hlavní směry výzkumu

  • Jednoduché, rychlé a robustní metody pro projekty zaměřené na metabolomiku a proteomiku
  • Zpracování, statistická analýza a vizualizace metabolomických dat
  • Nové separační metody (LC–MS, kapilární elektromigrační techniky včetně CE–MS) pro fyziologický výzkum
  • Metabolomika pro studium cirkadiánních rytmů
  • Metabolomika a proteomika pro objevování nových biomarkerů lidského zdraví
  • Prediktivní úloha proteomického složení zubů a slin v etiologii zubního kazu
  • Analýza extracelulární hmoty: od proteinů po tkáňovou architekturu u idiopatického pes equinovarus (noha kososvislá)
  • Mechanismy remodelace stěny plicních artérií během rozvoje plicní hypertenze
  • Posttranslační modifikace proteinů v průběhu stárnutí i chorob (např. diabetes mellitus)

Aktuální projekty

Vodík-deuteriová výměna ve spojení s hmotnostní spektrometrií (HDX-MS) k identifikaci neznámých metabolitů detekovaných necílenou metabolomikou (21-00477S)

  • Řešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu

Identifikace faktorů ovlivňujících adherenci k farmakoterapii u pacientů s diabetem 2. typu s využitím necílené metabolomiky (NU20-01-00186)

  • Řešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu

Metabolomika 2.0: Komplexní analytické metody a bioinformatické nástroje pro studium cirkadiánních rytmů (LTAUSA19124)

  • Řešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu

Mapování cirkadiánního metabolomu mozku a periferních tkáních potkana během embryonálního a postnatálního vývoje (20-21114S)

  • Řešitel: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu

Význam metabolizmu tukové tkáně pro náchylnost k obezitě: mechanizmy nezávislé na UCP1 (19-02411S)

  • Člen týmu: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Řešitel: J. Kopecký, oddělení Biologie tukové tkáně

Úloha epikardiální tukové tkáně, subklinického zánětu a nových lipidových signálních molekul při vzniku a rozvoji srdečního selhání (NV19-02-00118)

  • Člen týmu: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Řešitel: M. Haluzík, Institut klinické a experimentální medicíny; spoluřešitel: O. Kuda, oddělení Metabolismu bioaktivních lipidů

Změny transkriptomu během časného postnatálního vývoje u lidí: vliv porodní nezralosti na regulaci energetického metabolizmu (NU20-07-00026)

  • Člen týmu: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Řešitel: J. Kopecký, oddělení Biologie tukové tkáně

Tuková tkáň kostní dřeně jako nové specializované depo tukové tkáně a jeho význam v regulaci kostní homeostázy (20-03586S)

  • Člen týmu: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Řešitel: M. Tencerová, oddělení Molekulární fyziologie kosti

Studium metabolické flexibility tukové tkáně kostní dřeně u obezity (EFSD/Novo Nordisk Foundation Future Leaders Award)

  • Člen týmu: T. Čajka, oddělení Translačního metabolismu
  • Řešitel: M. Tencerová, oddělení Molekulární fyziologie kosti

Afinitní kapilární elektrokinetické metody pro selektivní analýzu biopolymerů a metabolitů a pro studium jejich interakcí (20-03899S)

  • Spoluřešitel: I. Mikšík, oddělení Translačního metabolismu
  • Řešitel: V. Kašička, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Bioartificiální kardiovaskulární záplaty a cévní náhrady na bázi porcinního kolagenu zesílené nano/mikrovlákny remodelované pomocí kmenových buněk v bioreaktorech (NV19-02-00068)

  • Člen týmu: A. Eckhardt, oddělení Translačního metabolismu
  • Řešitel: J. Pirk, Institut klinické a experimentální medicíny

Aktuální projekty

Úspěchy

The Power List 2018 -- The Fab Forty

Doc. Tomáš Čajka byl zařazen mezi čtyřicet nejlepších vědců do čtyřiceti let v oboru analytické chemie. Žebříček čtyřiceti nejúspěšnějších vědců byl publikován v říjnovém čísle časopisu The Analytical Scientist. Více

Cena za nejlepší poster na konferenci

MUDr. Tomáši Novotnému byla na světové ortopedické konferenci 40th World Orthopaedic Congerss, Muscat, Oman (2019, pořadatel: SICOT) za poster „Histological comparison of clubfoot deformity and Dupuytren's disease fibroproliferation“ udělena cena „The Lester Lowe Award“. Více

Publikace

Witkowski; M. - Nemet; I. - Alamri; H. - Wilcox; J. - Gupta; N. - Nimer; N. - Haghikia; A. - Li; X. S. - Wu; Y. - Saha; P. P. - Demuth; I. - König; M. - Steinhagen-Thiessen; E. - Čajka; Tomáš - Fiehn; O. - Landmesser; U. - Tang; W.H.W. - Hazen; S.L. The artificial sweetener erythritol and cardiovascular event risk . Nature Medicine. 2023; 29(March); 710-718 . IF = 82.9 [ASEP] [ doi ]
Vondrášek; David - Hadraba; Daniel - Přibyl; J. - Eckhardt; Adam - Ošťádal; M. - Lopot; F. - Jelen; K. - Doubková; Martina - Knitlová; Jarmila - Novotný; T. - Janáček; Jiří . Microstructural Analysis of Collagenous Structures in Relapsed Clubfoot Tissue . Microscopy and Microanalysis. 2023; 29(1); 265-272 . IF = 2.8 [ASEP] [ doi ]
Rakušanová; Stanislava - Fiehn; O. - Čajka; Tomáš . Toward building mass spectrometry-based metabolomics and lipidomics atlases for biological and clinical research . TrAC-Trends in Analytical Chemistry. 2023; 158(January)); 116825 . IF = 13.1 [ASEP] [ doi ]
Rakušanová; Stanislava - Čajka; Tomáš . Current analytical methods to monitor type 2 diabetes medication in biological samples . TrAC-Trends in Analytical Chemistry. 2023; 158(January)); 116831 . IF = 13.1 [ASEP] [ doi ]
Morvan; Marine - Mikšík; I. The chiral proteomic analysis applied to aging collagens by LC-MS: Amino acid racemization; post-translational modifications; and sequence degradations during the aging process . Analytica Chimica Acta. 2023; 1262(29 June)); 341260 . IF = 6.2 [ASEP] [ doi ]

Fotogalerie oddělení

Celá fotogalerie

Lidé

doc. Ing. Tomáš Čajka, Ph.D.

vedoucí oddělení

Mgr. Adam Eckhardt, Ph.D.

zástupce vedoucího oddělení

Ing. Jana Svobodová, Ph.D.

vědecký pracovník

Mgr. Lucie Rudl Kulhavá, Ph.D.

postdoktorand

MUDr. Tomáš Novotný, Ph.D.

vědecký pracovník

Ing. Mgr. Jan Bílek

výzkumný pracovník

Ing. Stanislava Rakušanová

postgraduální student

MSc. Marine Morvan

postgraduální student

Mgr. Armenuhi Kirakosjanová

technický pracovník