Přeskočit na hlavní obsah

Mikroskopie

Servisní skupina

Skupinová fotografie Servisní skupiny mikroskopie

Skupina poskytuje servisní služby v oboru pokročilých mikroskopických technik jak pracovníkům ÚEM AV ČR, tak externím uživatelům. Pracovníci skupiny zajišťují zejména školení uživatelů, rutinní servis přístrojů, provoz rezervačního systému a odborné konzultace. K dispozici jsou přístroje od základního fluorescenčního mikroskopu po pokročilý konfokální systém či systémy umožňující více-fotonovou excitaci.

Štěpán Kortus

Vedoucí
Ing. Štěpán Kortus, Ph.D.

Telefonní číslo +420 241 062 725
Mailová adresa stepan.kortus@iem.cas.cz
Linkedin profil Štěpán Kortus
Zobrazit více
Přeskočit navigaci

Pracovníci

Mgr. Barbora Hyklová, Ph.D.

Ing. Štěpán Kortus, Ph.D.

doc. RNDr. Jan Malínský, Ph.D.

Iva Švecová, M.Sc.

Profil pracoviště

Skupina poskytuje servisní služby v oboru pokročilých mikroskopických technik jak pracovníkům ÚEM AV ČR, tak externím uživatelům. Pracovníci skupiny zajišťují zejména školení uživatelů, rutinní servis přístrojů, provoz rezervačního systému a odborné konzultace.

Součástí našeho oddělení je laboratoř pro pokročilé zobrazování živých zvířat (BSL2) vybavená pokročilým 3D zobrazovacím systémem a kompletním zázemím pro manipulaci s živými vzorky.

Seznam technik dostupných na našem oddělení

  • Mikroskopie v průchozím světle
  • Fluorescenční mikroskopie v širokém poli
  • Laserová skenovací konfokální mikroskopie (jednokanálová a vícekanálová)
  • Rychlá konfokální mikroskopie se spinning diskem
  • Super-rezoluční mikroskopie (Airyscan nebo SpinSR10)
  • Fluorescenční mikroskopie s dvoufotonovou excitací
  • Vysokorychlostní fluorescenční mikroskopie s dvou-fotonovou excitací
  • Obnova fluorescence po foto-vybělení (FRAP)
  • Light Sheet mikroskopie

Czech-Bioimaging

Naše skupina je od roku 2022 součástí národní infrastruktury Czech-Bioimaging (otevře se v novém okně) zaměřené na biologické a medicínské zobrazování. Hlavním cílem tohoto projektu je zajištění otevřeného přístupu k pokročilým zobrazovacím technikám. Czech Bioimaging je součástí širšího mezinárodního projektu Euro-Bioimaging (otevře se v novém okně) V případě zájmu o využití našeho přístrojového vybavení nás neváhejte kontaktovat.

Logo Czech-BioImaging, Imaging principles of life

Přístrojové vybavení

Aktuálně je provozováno 7 mikroskopů dostupných přímo přes rezervační systém. Přístup k ostatním přístrojům je možný po předchozí domluvě na konkrétním pracovišti.

Mikroskopy

  • Zeiss LSM 880 Airyscan

    Superrozlišovací konfokální mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Olympus SpinSR10

    Superrozlišovací mikroskop s rotujícím diskem

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Olympus FV10i

    Poloautomatický konfokální mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Olympus FV1200 MPE

    Vícefotonový konfokální mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Zeiss Axio Observer Z.1

    Epifluorescenční mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Femtonics FEMTO3D Atlas

    Vzpřímený dvoufotonový mikroskop určený pro zobrazování malých hlodavců in vivo

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • LaVision UltraMicroscope II

    Light-sheet mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

Počítače pro zpracování obrazu

  • DELL (ScanR, CellSense)

    Počítačová stanice pro zpracování a analýzu mikroskopických dat

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Fujitsu (Imaris)

    Počítačová stanice pro zpracování a analýzu mikroskopických dat

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

Služby

  • Úvodní školení je povinné pro každého uživatele.

    Toto školení se obvykle sestává ze dvou dvouhodinových částí. V první části se uživatel seznámí se základní teorií a s fungováním konkrétního mikroskopu. Zároveň s pomocí školitele vytvoří cvičný snímek. V druhé části uživatel ovládá mikroskop sám a pořizuje snímky pod dohledem školitele.

    Celé školení přizpůsobujeme schopnostem a individuálním potřebám konkrétního uživatele. V případě zkušených uživatelů je možné školení zkrátit, u nejistých začátečníků není problém přidat další hodiny.

    Je vhodné si alespoň na druhou část školení přinést vlastní vzorek, není to však povinnost.

  • Uživatelé, kteří již absolvovali základní školení, ale dlouhou mikroskop nepoužívali, jsou povinni absolvovat obnovovací školení. Toto školení probíhá většinou jako asistence školitele při vlastním experimentu.

  • Nabízíme i doplňující školení týkající se pokročilého nastavení mikroskopu a metod, které nejsou součástí základního školení.

    Mezi tyto metody mimo jiné patří: superrozlišovací mikroskopie s Airyscan detektorem, FRAP (obnovení fluorescence po fotovybělení), multifotonová mikroskopie, použití inkubace (kontrola CO2 a teploty), či nastavení DIC (diferenciální interferenční kontrast).

    Dále poskytujeme odborné konzultace ohledně návrhu experimentu.

  • Nabízíme pomoc s výběrem softwaru vhodného pro analýzu konkrétních dat a zodpovězení příslušných výzkumných otázek. Pokud je třeba, můžeme také napřímo asistovat u provedení analýzy a vyhodnocení výsledků. Ve speciálních případech jsme také schopni vytvořit software potřebný pro konkrétní aplikaci.


Odborné kurzy

V průběhu roku organizujeme odborné kurzy zaměřené na základní a pokročilé mikroskopické techniky.

Nadcházející akce

Nejbližší kurz plánujeme v termínu 10/2023.

Uplynulé akce

14. 06. 2023 - 15. 06. 2023

Entry Level Super-Resolution Microscopy

Czech-BioimagingOdborné akceSeminář

Přístup do servisní laboratoře

Přístup k přístrojovému vybavení poskytujeme v režimu Open Access a v souladu s následujícími pravidly:

Uživatel je povinen

  • řídit se pokyny technika,
  • absolvovat povinná školení (neproškolené osoby smějí mikroskopy používat pouze pod odborným dohledem technika),
  • provést řádnou rezervaci přístroje před jeho použitím (max. 20 hodin na 2 týdny pro jeden přístroj, rezervace více hodin je možná na vyžádání. Pokud se uživatel nemůže dostavit k mikroskopu v rezervovaném čase, je povinen rezervaci zrušit, aby mohl mikroskop využít jiný uživatel.),
  • informovat technika o jakékoliv závadě nebo nehodě, ke které došlo během experimentu,
  • udržovat mikroskop a místnost s mikroskopy v čistotě.

Je zakázáno

  • v místnosti s mikroskopy jíst a pít,
  • na mikroskopy montovat či demontovat optické, elektronické ani jiné zařízení (objektivy, filtry, kamery atd.) – není-li to předem domluveno s technikem.

V případě porušení pravidel může být přístup k mikroskopům odepřen.

Ceník


Povinná publicita

Při využití servisních služeb Mikroskopie, prosíme uveďte ve svých publikacích následující informace:

Informace

“Microscopy was done at the Microscopy Service Centre of the Institute of Experimental Medicine CAS supported by the MEYS CR (LM2023050 Czech-Bioimaging).”


V případě níže uvedených přístrojů prosím dále uveďte:

Informace

Olympus SpinSR10

Pořízený z prostředků projektu NanoEnviCZ.

“This work was funded by the Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic (Research Infrastructure NanoEnviCZ, LM2018124) and The European Union-European Structural and Investments Funds in the frame of the Research Development and Education-project Pro-NanoEnviCz operational program (Project No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001821).”