Klastry Oddělení teoretické chemie

A: Přístrojové vybavení - výpočetní klastry

1) Klastr fock.jh-inst.cas.cz (960 jader)

• 29 výpočetních uzlů + server
• Každý uzel sestáva ze 2 procesorů Intel Xeon Gold 6226R @ 2.9 GHz (32 jader), 384 GB RAM, 3 TB SSD paměti na pevných discích
• Spojení prostřednictvím dvou ethernetových sítí s přenosovou rychlosti 1 Gb/s
• 24 kVA záložní zdroj
• operační systém Debian GNU/Linux s frontovým systémem SoGE

2) Klastr kohn.jh-inst.cas.cz (616 jader)

• 54 výpočetních uzlů + server
• 20 uzlů sestáva ze 2 procesorů Intel Xeon E5-2667 v3 @ 3.2 GHz (16 jader), 128 GB RAM and 34 uzlů ze 2 procesorů Intel Xeon X5687 @ 3.6 GHz (8 cores), 48 GB RAM, 4 TB paměti na pevných discích
• Spojení prostřednictvím třech sítí: 2x ethernet s přenosovou rychlosti 1 Gb/s a 1x InfiniBand s přenosovou rychlosti 40 Gb/s
• 20 kVA záložní zdroj
• operační systém Debian GNU/Linux s frontovým systémem SoGE

3) Klastr gpu.jh-inst.cas.cz (612 jader)

• 28 výpočetních uzlů + server
• Každý uzel sestáva ze 2 procesorů Intel Xeon, několik generací a architektur počínaje X5675 @ 3.07 GHz (12 jader) až po Gold 6226R @ 2.9 GHz (32 jader), up to 750 GB RAM, 2-4 TB paměti na pevných discích
• 12 uzlů vybavených grafickou kartou Nvidia Tesla
• 1 uzel vybaven výpočetní kartou Intel Xeon Phi
• Spojení prostřednictvím dvou ethernetových sítí s přenosovou rychlosti 1 Gb/s
• 16 kVA záložní zdroj
• operační systém Debian GNU/Linux s frontovým systémem SoGE

B: Dostupné metody

1) Výpočetní klastry jsou vybaveny následujícím volně dostupným i komerčním software

• Kompilátory: Intel, GNU
• Knihovny: Intel MPI, Intel MKL, OpenMPI, OFED, FFTW, Global Arrays
• Kvantově chemické programy: CP2K, CRYSTAL, DALTON, GAMESS(US), Gaussian, Molpro, Molcas, Molden, NWChem, ORCA, TmoleX, Turbomole, VASP, VMD

2) Metody částečně nebo plně vyvíjené na našem oddělení

• Metoda diskrétní momentové reprezentace (DMR) pro vibračně neelastické kolize elektronů s mnohoatomovými molekulami (plně vyvinuta u nás)
• Metoda dvouelektronové R-matice pro popis velkých Rydbergových molekul (plně vyvinuta u nás)
• Multireferenční metody spřažených klastrů (MRCC) v Hilbertově prostoru včetně jejich lokálních implementací s využitím párových přirozených orbitalů (LPNO)
• Metoda renormalizační grupy matice hustoty (DMRG) pro silně korelované systémy
• Metody spřažených klastrů externě korigovány metodou DMRG, včetně jejich LPNO verzí
• Neadiabatická molekulová dynamika se spinorbitální interakcí implementovaná v programu Newton-X