Přeskočit na hlavní obsah

Mikroskopie

Servisní skupina

Skupinová fotografie Servisní skupiny mikroskopie

Skupina poskytuje servisní služby v oboru pokročilých mikroskopických technik jak pracovníkům ÚEM AV ČR, tak externím uživatelům. Pracovníci skupiny zajišťují zejména školení uživatelů, rutinní servis přístrojů, provoz rezervačního systému a odborné konzultace. K dispozici jsou přístroje od základního fluorescenčního mikroskopu po pokročilý konfokální systém či systémy umožňující více-fotonovou excitaci.

Štěpán Kortus

Vedoucí
Ing. Štěpán Kortus, Ph.D.

Telefonní číslo +420 241 062 725
Mailová adresa stepan.kortus@iem.cas.cz
Linkedin profil Štěpán Kortus
Zobrazit více
Přeskočit navigaci

Pracovníci

Mgr. Barbora Hyklová, Ph.D.

Ing. Štěpán Kortus, Ph.D.

doc. RNDr. Jan Malínský, Ph.D.

Iva Švecová, M.Sc.

Profil pracoviště

Cílem naší skupiny je umožnit uživatelům přístup ke špičkovým přístrojům a sofwaru na následnou analýzu dat, a poskytnout jim podporu ve všech krocích procesu, od návrhu experimentu až po vyhodnocení dat.  

K dispozici jsou následující techniky:  

  • Mikroskopie v průchozím světle  
  • Fluorescenční mikroskopie v širokém poli  
  • Mikroskopie s fázovým kontrastem a DIC 
  • Laserová skenovací konfokální mikroskopie (jednokanálová a vícekanálová)  
  • Rychlá konfokální mikroskopie se spinning diskem  
  • Superrezoluční mikroskopie (Airyscan nebo SpinSR10)  
  • Fluorescenční mikroskopie s dvoufotonovou excitací  
  • Vysokorychlostní fluorescenční mikroskopie s dvoufotonovou excitací  
  • Obnovení fluorescence po fotovybělení (FRAP)  
  • Light-sheet mikroskopie  

Součástí naší skupiny je i laboratoř pro pokročilé zobrazování živých zvířat (BSL2) vybavená pokročilým 3D zobrazovacím systémem a kompletním zázemím pro manipulaci s živými vzorky. 

K analýze dat jsou k dispozici 2 počítače vybavené softwarem pro zpracování obrazu. V případě potřeby poskytujeme konzultace a podporu ohledně analýzy dat, a ve speciálních případech jsme schopni vyvinout specializovaný software potřebný pro konkrétní aplikaci.  

Přístrojové vybavení

Aktuálně je provozováno 7 mikroskopů dostupných přímo přes rezervační systém. Přístup k ostatním přístrojům je možný po předchozí domluvě na konkrétním pracovišti.

Mikroskopy

  • Zeiss LSM 880 Airyscan

    Superrozlišovací konfokální mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Olympus SpinSR10

    Superrozlišovací mikroskop s rotujícím diskem

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Olympus FV10i

    Poloautomatický konfokální mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Olympus FV1200 MPE

    Vícefotonový konfokální mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Zeiss Axio Observer Z.1

    Epifluorescenční mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Femtonics FEMTO3D Atlas

    Vzpřímený dvoufotonový mikroskop určený pro zobrazování malých hlodavců in vivo

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • LaVision UltraMicroscope II

    Light-sheet mikroskop

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

Počítače pro zpracování obrazu

  • DELL (ScanR, CellSense)

    Počítačová stanice pro zpracování a analýzu mikroskopických dat

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

  • Fujitsu (Imaris)

    Počítačová stanice pro zpracování a analýzu mikroskopických dat

    Dostupné

    Rezervace Externí odkazDetail

Služby

  • Pro nové uživatele poskytujeme základní školení, které je nutné podstoupit před používáním každého z mikroskopů.

    K tomu nabízíme i doplňující školení týkající se pokročilého nastavení mikroskopu a metod, které nejsou součástí základního školení.

    Mezi tyto metody mimo jiné patří: superrozlišovací mikroskopie s Airyscan detektorem, FRAP (obnovení fluorescence po fotovybělení), multifotonová mikroskopie, použití inkubace (kontrola CO2 a teploty), či nastavení DIC (diferenciální interferenční kontrast).

    Dále poskytujeme odborné konzultace ohledně návrhu experimentu.

  • Nabízíme pomoc s výběrem softwaru vhodného pro analýzu konkrétních dat a zodpovězení příslušných výzkumných otázek. Pokud je třeba, můžeme také napřímo asistovat u provedení analýzy a vyhodnocení výsledků. Ve speciálních případech jsme také schopni vytvořit software potřebný pro konkrétní aplikaci.

  • Naše skupina provozuje BSL-2 certifikovanou laboratoř intravitálního zobrazování, která poskytuje zázemí pro všechny kroky experimentálního procesu:

    Vybavení pro práci s laboratorními zvířaty: Laboratoř disponuje prostorem a prostředky pro ústájení malých laboratorních hlodavců a péči o ně. Je zde možné uchovávat zvířata potřebná k experimentu, a to včetně transgenních a transfekovaných kmenů. O zvířata se starají školení ošetřovatelé.

    Operační místnost: Laboratoř zahrnuje dvě operační místa a je vybavena stereotaktickým zařízením a dalšími nástroji potřebnými pro výkon chirurgických zákroků. Je zde možné provádět například virové injekce nebo přípravu kraniálních oken.

    Vybavení pro in vivo experimenty: Důležitou součástí laboratoře je 2-fotonový mikroskop Femtonics Femto3D Atlas. Tento pokročilý mikroskopický systém umožňuje jak funkční, tak strukturní zobrazování. Kromě mikroskopu umožňuje laboratoř také provádění elektrofyziologických a behaviorálních experimentů.


Odborné kurzy

V průběhu roku organizujeme odborné kurzy zaměřené na základní a pokročilé mikroskopické techniky.

Nadcházející akce

29. 11. 2023 - 01. 12. 2023

Úvod do programování pro zpracování obrazu

Czech-BioimagingOdborné akceSeminář

Uplynulé akce

14. 06. 2023 - 15. 06. 2023

Úvod do superrezoluční fluorescenční mikroskopie

Czech-BioimagingOdborné akceSeminář

Přístup do servisní laboratoře

Kompletní seznam pravidel pro přístup do servisní laboratoře je možné najít na následujícím odkazu:


Ceník

Přístroj/službaInterní Open Access uživatelé*Externí Open Access uživatelé*

Zeiss LSM880 AiryScan

120 CZK

200 CZK

Olympus FV10i

60 CZK

170 CZK

Olympus FV1200 MPE

120 CZK (multifoton +50 CZK)

200 CZK (multifoton +100 CZK)

Femtonics FEMTO3D Atlas

200 CZK

350 CZK

LaVision UltraMicroscope II

100 CZK

180 CZK

Zeiss AxioObserver Z.1

50 CZK

100 CZK

Olympus SpinSR10

120 CZK

200 CZK

Philips Morgagni

150 CZK

–

Odborná asistence

150 CZK

200 CZK

Pro rezervace mimo hlavní pracovní dobu a o víkendech a svátcích platí sleva 25 %. Úvodní školení není zpoplatněno.  

Pokud nespadáte do žádné z vymezených kategorií, obraťte se na nás, prosím, pro více informací.

*Ceny za 1 hod bez DPH

Povinná publicita

Při využití servisních služeb Mikroskopie, prosíme uveďte ve svých publikacích následující informace:

Informace

“Microscopy was done at the Microscopy Service Centre of the Institute of Experimental Medicine CAS supported by the MEYS CR (LM2023050 Czech-Bioimaging).”


V případě níže uvedených přístrojů prosím dále uveďte:

Informace

Olympus SpinSR10

Pořízený z prostředků projektu NanoEnviCZ.

“This work was funded by the Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic (Research Infrastructure NanoEnviCZ, LM2018124) and The European Union-European Structural and Investments Funds in the frame of the Research Development and Education-project Pro-NanoEnviCz operational program (Project No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001821).”