Virové a mikrobiální proteiny | Skupina Ivy Pichové

O naší skupině

Výzkum v naší laboratoři se zaměřuje hlavně na funkční a strukturní studie klíčových proteinů viru hepatitidy B a mykobakterií a jejich interakce s buněčnými proteiny, dále pak na proteiny patogenních kvasinek a ve spolupráci s chemickými ekology také na enzymy zapojené v biosyntéze hmyzích feromonů.

Výzkumné projekty zahrnují proteinové inženýrství, purifikaci a charakterizaci proteinů, enzymologii, NMR a rentgenovou proteinovou strukturní analýzu, izolaci a analýzu komplexů buněčných a patogenních proteinů, škálu molekulárně biologických metod a elektronovou mikroskopickou analýzu. Naše úzká spolupráce s organickými chemiky umožňuje multioborový výzkum zaměřený na identifikaci a charakterizaci enzymů zapojených do metabolizmu léčiv a testování potenciálních inhibitorů.

Skupina je členem projektu Národního institutu virologie a bakteriologie z programu EXCELES.

The mycobacterial guaB1 gene encodes a guanosine 5′-monophosphate reductase with a cystathionine-β-synthase domain

Z. Knejzlík M. Doležal K. Herkommerová K. Clarová M. Klíma M. Dedola E. Zborníková D. Rejman I. Pichová

FEBS Journal 289 (18): 5571–5598 (2022)

Mycobacteria express enzymes from both the de novo and purine-salvage pathways. However, the regulation of these processes and the roles of individual metabolic enzymes have not been sufficiently detailed. Both Mycobacterium tuberculosis (Mtb) and Mycobacterium smegmatis (Msm) possess three guaB genes, but information is only available on guaB2, which encodes an essential inosine 5′-monophosphate dehydrogenase (IMPDH) involved in de novo purine biosynthesis. This study shows that guaB1, annotated in databases as a putative IMPDH, encodes a guanosine 5′-monophosphate reductase (GMPR), which recycles guanosine monophosphate to inosine monophosphate within the purine-salvage pathway and contains a cystathionine-β-synthase domain (CBS), which is essential for enzyme activity. GMPR activity is allosterically regulated by the ATP/GTP ratio in a pH-dependent manner. Bioinformatic analysis has indicated the presence of GMPRs containing CBS domains across the entire Actinobacteria phylum.

Přejít na publikaci

Biogenesis of hepatitis B virus e antigen is driven by translocon-associated protein complex and regulated by conserved cysteine residues within its signal peptide sequence

H. Zábranská A. Zábranský B. Lubyová J. Hodek A. Křenková M. Hubálek J. Weber I. Pichová

FEBS Journal 289 (10): 2895–2914 (2022)

Přejít na publikaci

Structural determinants for subnanomolar inhibition of the secreted aspartic protease Sapp1p from Candida parapsilosis

J. Dostál J. Brynda L. Vaňková S. R. Zia O. Heidingsfeld M. Lepšík

Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry 36 (1): 914-921 (2021)

Přejít na publikaci

Understanding desaturation/hydroxylation activity of castor stearoyl Δ⁹-Desaturase through rational mutagenesis

M. Tupec M. Culka A. Machara S. Macháček D. Bím A. Svatoš L. Rulíšek I. Pichová

Computational and Structural Biotechnology Journal 20: 1378–1388 (2022)

Přejít na publikaci