1) Ediční a interpretační projekty zaměřené na život a dílo J. A. Komenského
A) Základním úkolem je dlouhodobý projekt kritické edice spisů J. A. Comenii Opera omnia – Dílo J. A. Komenského (DJAK). V posledních letech vyšly svazky 15/IV (2011, Opera didactica omnia, Eruditiones pars I a pars II), 9/II (2013, druhý svazek historiografických prací), 19/I (2014, prvá část Obecné porady: Europae lumina, Panegersia, Panaugia), 19/II (2022, Obecná porada, prvá část Pansofie: Praefationes, Mundus possibilis, Mundus archetypus a Mundus angelicus), 26/I (2018, prvý svazek korespondence, dopisy z let 1628–1638). V přípravě jsou další svazky 26/II (korespondence, dopisy z let 1638–1642), 19/III (Pansofie: Mundus materialis a Mundus artificialis) a 10 (Manualník).
B) Nedílnou součástí portfolia oddělení je studium a interpretace literárního odkazu J. A. Komenského, zejména v oblasti filosofie, intelektuálních dějin, dějin literatury a filologie, se zaměřuje zejména na výzkum Komenského metafyziky (V. Schifferová, V. Balík), jazyka a stylu latinských spisů Komenského (M. Steiner), Komenského užívání Bible (T. Havelka), problému evidence a textuality v Komenského pracích (L. Řezníková), Komenského korespondence a jeho místa v rámci dobových komunikačních sítí republiky učenců (V. Urbánek, I. Lelková a další).
C) Oddělení se zaměřuje také na zpřístupňování Komenského díla širší veřejnosti v překladech dosud česky nevydaných či špatně dostupných děl. V přípravě je překladová řada, navazující na již zastaralé Vybrané spisy Komenského. V nejbližší době je plánován nový překlad Komenského lešenských dramat Diogenes cynicus a Abrahamus patriarcha (M. Klosová), následovat bude nový výbor z Komenského korespondence.
2) Dějiny komeniologického bádání
A) Interpretace Komenského z hlediska proměn kultur paměti od osvícenství do konce 20. století v širokém rozpětí od vědeckého diskursu po nejrůznější formy literárních, výtvarných, profesních, aj. reprezentací formou knižních monografií i výstavní činnosti. Výstupem byly jednak monografie Figurace paměti (2014, L. Řezníková, ed.), jednak výstava J.A.K.: Komenský v kulturách vzpomínání (2020, Galerie věda a umění) a stejnojmenný katalog (2021).
B) Oddělení se zaměřuje i na zhodnocení komeniologického bádání v 20. století. Jde zejména o výzkum díla norské komenioložky Milady Blekastad (zejména její bohaté korespondence), v roce 2022 se jsme se zaměřili i na zhodnocení odkazu prvého vědeckého redaktora Díla Jana Amose Komenského a významného literárního historika Antonína Škarky.
C) Významnou součástí badatelské strategie oddělení je zaměření na využití moderních digitalizačních principů a jejich uplatnění jak na literaturu raného novověku, tak i moderní, souvisí-li s tematikou oddělení. Rozsáhlé digitalizační výstupy umožnilo zejména zapojení do infrastruktury LINDAT-CLARIAH. V jeho rámci vzniká zejména rozsáhlá databáze Historická korespondence a v jejím rámci jak databáze raně novověkých korespondenčních sítí (Amand Polanus z Polansdorfu, Marek Marci z Kronlandu, Philipp Jakob Sachs z Löwenheimu, Theodor Moret, pobělohorští studenti), tak i novodobé korespondence Milady Blekastad či Jana Patočky. Druhým výstupem bude textový korpus Komenského spisů, založený na digitalizaci děl, vydaných v ediční řadě Dílo Jana Amose Komenského.
Tyto práce umožnila předchozí spolupráce na významném mezinárodním projektu Cultures of Knowledge, zaměřující se v prvé řadě na na databázi Komenského korespondence, která je zahrnuta v rámci databáze učené korespondence Early Modern Letters Online.
3) Intelektuální dějiny raného novověku
Významnou částí portfolia oddělení je výzkum intelektuálních dějin raného novověku. V rámci prestižního projektu Mezi renesancí a barokem se realizoval výzkum melanchthonismu v české vernakulární literatuře 16. a 17. století, projekt edičně zpřístupňující dílo Valeriána Magni, soupis zahraniční teologické literatury v Jednotě bratrské a interpretace astronomie a kosmologie v raném novověku. V současnosti probíhá rozsáhlý projekt podoby humanistické literární produkce v českých zemích od konce 15. do poloviny 17. století (L. Storchová), dále projekt věnovaný analýze česky, německy a latinsky psaných historických textů pocházejících z českých zemí z období 16. a 17. století (L. Řezníková) a průzkum raně novověké ideje univerzální vědy, jejího jazyka a encyklopedického vyjádření (P. Pavlas). V plánu je zahájit projekt zkoumající transkulturní mechanismy raného novověku (V. Čapská).
