Oddělení

Oddělení molekulární biologie nádorů

Výzkumné oddělení

Vedoucí oddělení

Pavel Vodička

Publikace

Elucidating the Risk of Colorectal Cancer for Variants in Hereditary Colorectal Cancer Genes

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiThomas M.Qu C.Wang X.Huyghe J. R.Joo J. E.Georgeson P.Arndt V.Berndt S. I.Bézieau S.Bien S. A.Bishop D. T.Brenner H.Brezina S.Burnett-Hartman A.Campbell P. T.Casey G.Castellví-Bel S.Chan A. T.Chang-Claude J.Chen X.Conti D. V.Cremolini C.Diergaarde B.Figueiredo J. C.FitzGerald L. M.Gago-Dominguez M.Gallinger S.Giles G. G.Gsu A.Gunter M. J.Hampe J.Hampel H.Harrison T. A.Hoffmeister M.Keku T. O.Kundaje A.Le Marchand L.Lenz H.-J.Li C. I.Li L.Lin Y.Lindblom A.Moreno V.Murphy N.Newcomb P. A.Newton C. C.Obón-Santacana M.Ogino S.Pai R. K.Palmer J. R.Pearlman R.Pharoah P. D. P.Phipps A. I.Platz E. A.Potter J. D.Rennert G.Sakoda L. C.Schafmayer C.Schmit S. L.Schoen R. E.Slattery M. L.Stadler Z. K.Steinfelder R. S.Thibodeau S. N.Ulrich C. M.Um C. Y.van Duijnhoven F. J. B.Van Guelpen B.Visvanathan K.Vodička P.Vodičková L.Vymetálková V.Weinstein S. J.White E.Winship I. M.Wolk A.Gruber S. B.Jenkins M. A.Hsu L.Buchanan D. D.Peters U. Datum vydání 2023 Metadata Gastroenterology. 2023 Oct;165(4):1070-1076.e3. doi: 10.1053/j.gastro.2023.06.032. Epub 2023 Jul 14.

Combining Asian and European genome-wide association studies of colorectal cancer improves risk prediction across racial and ethnic populations

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiThomas M.Su Y-R.Rosenthal E. A.Sakoda L. C.Schmit S. L.Timofeeva M. N.Chen Z.Fernandez-Rozadilla C.Law P. J.Murphy N.Carreras-Torres R.Diez-Obrero V.van Duijnhoven F. J. B.Jiang S.Shin A.Wolk A.Phipps A. I.Burnett-Hartman A.Gsur A.Chan A. T.Zauber A. G.Wu A. H.Lindblom A.Um C. Y.Tangen C. M.Gignoux C.Newton C.Haiman C. A.Qu C.Bishop D. T.Buchanan D. D.Crosslin D. R.Conti D. V.Kim D-H.Hauser E.White E.Siegel E.Schumacher F. R.Rennert G.Giles G. G.Hampel H.Brenner H.Oze I.Oh J. H.Lee J. K.Schneider J. L.Chang-Claude J.Kim J.Huyghe J. R.Zheng J.Hampe J.Greenson J.Hopper J. L.Palmer J. R.Visvanathan K.Matsuo K.Matsuda K.Jung K. J.Li L.Le Marchand L.Vodičková L.Bujanda L.Gunter M. J.Matejcic M.Jenkins M. A.Slattery M. L.D'Amato M.Wang M.Hoffmeister M.Woods M. O.Kim M.Song M.Iwasaki M.Du M.Udaltsova N.Sawada N.Vodička P.Campbell P. T.Newcomb P. A.Cai Q.Pearlman R.Pai R. K.Schoen R. E.Steinfelder R. S.Haile R. W.Vandenputtelaar R.Prentice R. L.Küry S.Castellví-Bel S.Tsugane S.Berndt S. I.Lee S. C.Brezina S.Weinstein S. J.Chanock S. J.Jee S. H.Kweon S-S.Vadaparampil S.Harrison T. A.Yamaji T.Keku T. O.Vymetálková V.Arndt V.Jia W-H.Shu X-O.Lin Y.Ahn Y-O.Stadler Z. K.Van Guelpen B.Ulrich C. M.Platz E. A.Potter J. D.Li C. I.Meester R.Moreno V.Figueiredo J. C.Casey G.Lansdorp Vogelaar I.Dunlop M. G.Gruber S. B.Hayes R. B.Pharoah P. D.Houlston R. S.Jarvik G. P.Tomlinson I. P.Zheng W.Corley D. A.Peters U.Hsu L. Datum vydání 2023 Metadata Nat Commun. 2023 Oct 2;14(1):6147. doi: 10.1038/s41467-023-41819-0.

A Fecal MicroRNA Signature by Small RNA Sequencing Accurately Distinguishes Colorectal Cancers: Results From a Multicenter Study

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiPardini B. Ferrero G.Tarallo S.Gallo G.Francavilla A.Licheri N.Trompetto M.Clerico G.Senore C.Peyre S.Vymetálková V.Vodičková L.Liska V.Vycital O.Levy M.Macinga P.Hucl T.Budinska E.Vodička P.Cordero F.Naccarati A. Datum vydání 2023 Metadata Gastroenterology. 2023 May 30;S0016-5085(23)00811-9. doi: 10.1053/j.gastro.2023.05.037. Online ahead of print.

Monitoring of telomere dynamics in peripheral blood leukocytes in relation to colorectal cancer patients' outcomes.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiTomášová K.Kroupa M.Zinková A.Korabečná M.Vymetálková V.Skrobánek P.Sojka L.Levy M.Hemminki K.Liška V.Hošek P.Kumar R.Vodičková L.Vodička P. Datum vydání 2022 Metadata Frontiers in Oncology. 12:962929.

Discovery of Long Non-Coding RNA MALAT1 Amplification in Precancerous Colorectal Lesions.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiŠišková A.Král J.Drabová J.Červená K.Tomášová K.Jungwirth J.Hucl T.Kohout P.Summerová S.Vodičková L.Vodička P.Vymetálková V. Datum vydání 2022 Metadata International Journal of Molecular Sciences. 23(14): 7656.

The Associations of Selenoprotein Genetic Variants with the Risks of Colorectal Adenoma and Colorectal Cancer: Case-Control Studies in Irish and Czech Populations.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiMukhtar M.Ashfield N.Vodičková L.Vymetálková V.Levy M.Liska V.Bruha J.Bendová P.O‘Sullivan J.Doherty G.Sheahan K.Nolan B.Vodička P.Hughes D. Datum vydání 2022 Metadata Nutrients. 14(13): 2718.

Oxidative Damage in Sporadic Colorectal Cancer: Molecular Mapping of Base Excision Repair Glycosylases MUTYH and hOGG1 in Colorectal Cancer Patients.

OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiKavec M.Urbanová M.Makovický P.Opattová A.Tomášová K.Kroupa M.Kostovciková K.Šišková A.Navvabi N.Schneiderová M.Vymetálková V.Vodičková L.Vodička P. Datum vydání 2022 Metadata International Journal of Molecular Sciences. 23(10): 5704.

Mutational analysis of driver genes defines the colorectal adenoma: in situ carcinoma transition.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiJungwirth J.Urbanová M.Boot A.Hošek P.Bendová P.Šišková A.Švec J.Kment M.Tůmová D.Summerová S.Beneš Z.Buchler T.Kohout P.Hucl T.Matěj R.Vodičková L.van Wezel T.Vodička P.Vymetálková V. Datum vydání 2022 Metadata Scientific Reports. 12(1): 2570.

MALAT1 in colorectal cancer: Its implication as a diagnostic, prognostic, and predictive biomarker.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiČervená K.Vodenková S.Vymetálková V. Datum vydání 2022 Metadata Gene. 843: 146791.

Genome-wide Modeling of Polygenic Risk Score in Colorectal Cancer Risk.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiThomas M.Sakoda L. C.Hoffmeister M.Rosenthal E. A.Lee J. K.van Duijnhoven F. J. B.Platz E. A.Wu A. H.Dampier C. H.de la Chapelle A.Wolk A.Joshi A. D.Burnett-Hartman A.Gsur A.Lindblom A.Castells A.Win A. K.Namjou B.Van Guelpen B.Tangen C. M.He Q.Li C. I.Schafmayer C.Joshu C. E.Ulrich C. M.Bishop D. T.Buchanan D. D.Schaid D.Drew D. A.Muller D. C.Duggan D.Crosslin D. R.Albanes D.Giovannucci E. L.Larson E.Qu F.Mentch F.Giles G. G.Hakonarson H.Hampel H.Stanaway I. B.Figueiredo J. C.Huyghe J. R.Minnier J.Chang-Claude J.Hampe J.Harley J. B.Visvanathan K.Curtis K. R.Offit K.Li L.Le Marchand L.Vodickova L.Gunter M. J.Jenkins M. A.Slattery M. L.Lemire M.Woods M. O.Song M.Murphy N.Lindor N. M.Dikilitas O.Pharoah P. D. P.Campbell P. T.Newcomb P. A.Milne R. L.MacInnis R. J.Castellví-Bel S.Ogino S.Berndt S. I.Bézieau S.Thibodeau S. N.Gallinger S. J.Zaidi S. H.Harrison T. A.Keku T. O.Hudson T. J.Vymetálková V.Moreno V.Martín V.Arndt V.Wei W.-Q.Chung W.Su Y.-R.Hayes R. B.White E.Vodička P.Casey G.Gruber S. B.Schoen R. E.Chan A. T.Potter J. D.Brenner H.Jarvik G. P.Corley D. A.Peters U.Hsu L. Datum vydání 2020 Metadata American Journal of Human Genetics. 107(3): 432-444.

Glyphosate Interaction with eEF11 Indicates Altered Protein Synthesis: Evidence for Reduced Spermatogenesis and Cytostatic Effect.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiSopko B.Tejral G.Bitti G.Sainz J.Garcia-Verdejo F.J.Martinez-Bueno M.Kumar A.Sanchez-Maldonado J.M.Diez-Villanueva A.Vodičková L.Vymetálková V.Sanchez V.M.Da Silva F.M.I.Sampaio-Marques B.Březina S.Butterbach K.ter Horst R.Hoffmeister M.Ludovico P.Jurado M.Li Y.Abate M.Medvediková M.Hajduch M.Chloupek J.Fajmonová J.Skoric M.Amler E.Erban T. Datum vydání 2021 Metadata ACS Omega. 6(23):14848-14857.

Polymorphisms within Autophagy-Related Genes Influence the Risk of Developing Colorectal Cancer: A Meta-Analysis of Four Large Cohorts.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiSainz J.Garcia-Verdejo F.J.Martinez-Bueno M.Kumar A.Sanchez-Maldonado J.M.Diez-Villanueva A.Vodičková L.Vymetálková V.Sanchez V.M.Da Silva F.M.I.Sampaio-Marques B.Březina S.Butterbach K.ter Horst R.Hoffmeister M.Ludovico P.Jurado M.Sanchez-Rovira P.Netea M.G.Gsur A.Vodička P.Moreno V.Hemminki K.Brenner H.Chang-Claude J.Forsti A. Datum vydání 2021 Metadata Cancer. 13(6):1258.

DNA Repair Gene Polymorphisms and Chromosomal Aberrations in Exposed Populations.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiNiazi Y.Thomsen H.Smolková B.Vodičková L.Vodenková S.Kroupa M.Vymetálková V.Kazimírová A.Barancoková M.Volkovová K.Staruchová M.Hoffmann P.Noethen M.M.Dusinska M.Musak L.Vodička P.Hemminki K.Foersti A. Datum vydání 2021 Metadata Frontiers in Genetics. 12: 691947.

DNA repair gene polymorphisms and chromosomal aberrations in healthy, nonsmoking population.

OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiNiazi Y.Thomsen H.Smolková B.Vodičková L.Vodenková S.Kroupa M.Vymetálková V.Kazimírová A.Barancoková M.Volkovová K.Staruchová M.Hoffmann P.Noethen M.Dusinská M.Musak L.Vodička P.Foersti A.Hemminki K. Datum vydání 2021 Metadata DNA Repair. 101: 103079.

Telomere length in peripheral blood lymphocytes related to genetic variation in telomerase, prognosis and clinicopathological features in breast cancer patients.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů Oddělení genetické toxikologie a epigenetiky AutořiKroupa M.Rachakonda S.Vymetálková V.Tomášová K.Liška V.Vodenková S.Čumová A.Rössnerová A.Vodičková L.Hemminki K.Souček P.Kumar R.Vodička P. Datum vydání 2020 Metadata Mutagenesis. 35(6):491-497.

Genetic architectures of proximal and distal colorectal cancer are partly distinct.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiHuyghe J.R.Harrison T.A.Bien S.A.Hampel H.Figueiredo J.C.Schmit S.L.Conti D.V.Chen S.Qu C.Lin Y.Barfield R.Baron J.A.Cross A.J.Diergaarde B.Duggan D.Harlid S.Imaz L.Kang H.M.Levine D.M.Perduca V.Perez-Cornago A.Sakoda L.C.Schumacher F.R.Slattery M.L.Toland A.E.van Duijnhoven F.J.B.Van Guelpen B.Agudo A.Albanes D.Alonso M.H.Anderson K.Arnau-Collell C.Arndt V.Banbury B.L.Bassik M.C.Berndt S.I.Bézieau S.B.Bishop D.T.Boehm J.Boeing H.Boutron-Ruault M.-C.Brenner H.Brezina S.Buch S.Buchanan D.D.Burnett-Hartman A.Caan B.J.Campbell P.T.Carr P.R.Castells A.Castellví-Bel S.Chan A.T.Chang-Claude J.Chanock S.J.Curtis K.R.de la Chapelle A.Easton D.F.English D.R.Feskens E.J.M.Gala M.Gallinger S.J.Gauderman W.J.Giles G.G.Goodman P.J.Grady W.M.Grove J.S.Gsur A.Gunter M.J.Haile R.W.Hampe J.Hoffmeister M.Hopper J.L.Hsu W.-L.Huang W.-Y.Hudson T.J.Jenab M.Jenkins M.A.Joshi A.D.Keku T.O.Kooperberg C.Kühn T.Küry S.Le Marchand L.Lejbkowicz F.Li C.I.Li L.Lieb W.Lindblom A.Lindor N.M.Männistö S.Markowitz S.D.Milne R.L.Moreno L.Murphy N.Nassir R.Offit K.Ogino S.Panico S.Parfrey P.S.Pearlman R.Pharoah P.D.P.Phipps A.I.Platz E.A.Potter J.D.Prentice R.L.Qi L.Raskin L.Rennert G.Rennert H.S.Riboli E.Schafmayer C.Schoen R.E.Seminara D.Song M.Su Y.-R.Tangen C.M.Thibodeau S.N.Thomas D.C.Trichopoulou A.Ulrich C.M.Visvanathan K.Vodička P.Vodičková L.Vymetálková V.Weigl K.Weinstein S.J.White E.Wolk A.Woods M.O.Wu A.H.Abecasis G.R.Nickerson D.A.Scacheri P.C.Kundaje A.Casey G.Gruber S.B.Hsu L.Moreno V.Hayes R.B.Newcomb P.A.Peters U. Datum vydání 2021 Metadata Gut. 70(7): 1325-1334.

Identifying novel susceptibility genes for colorectal cancer risk from a transcriptome-wide association study of 125,478 subjects.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiGuo X.Lin W.Wen W.Huyghe J.Bien S.Cai Q.Harrison T.Chen Z.Qu C.Bao J.Long J.Yuan Y.Wang F.Bai M.Abecasis G.R.Albanes D.Berndt S.I.Bézieau S.Bishop D.T.Brenner H.Buch S.Burnett-Hartman A.Campbell P.T.Castellví-Bel S.Chan A.T.Chang-Claude J.Chanock S.J.Cho S.H.Conti D.V.de la Chapelle A.Feskens E.J.M.Gallinger S.J.Giles G.G.Goodman P.J.Gsur A.Guinter M.Gunter M.J.Hampe J.Hampel H.Hayes R.B.Hoffmeister M.Kampman E.Kang H.M.Keku T.O.Kim H.R.Le Marchand L.Lee S.C.Li C.I.Li L.Lindblom A.Lindor N.Milne R.L.Moreno V.Murphy N.Newcomb P.A.Nickerson D.A.Offit K.Pearlman R.Pharoah P.D.P.Platz E.A.Potter J.D.Rennert G.Sakoda L.C.Schafmayer C.Schmit S.L.Schoen R.E.Schumacher F.R.Slattery M.L.Su Y.-R.Tangen C.M.Ulrich C.M.van Duijnhoven F.J.B.van Guelpen B.Visvanathan K.Vodička P.Vodičková L.Vymetálková V.Wang X.White E.Wolk A.Woods M.O.Casey G.Hsu L.Jenkins M.A.Gruber S.B.Peters U.Zheng W. Datum vydání 2021 Metadata Gastroenterology. 160(4) 1164–1178.

Genetic variations in 3'UTRs of SMUG1 and NEIL2 genes modulate breast cancer risk, survival and therapy response.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiČumová A.Vymetálková V.Opattová A.Boušková V.Pardini B.Kopečkov K.Kozevnikovová R.Licková K.Ambrus M.Vodičková L.Naccarati A.Souček P.Vodička P. Datum vydání 2021 Metadata Mutagenesis. 36(4): 269-279.

Mutational landscape of plasma cell-free DNA identifies molecular features associated with therapeutic response in patients with colon cancer. A pilot study.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiČervená K.Pardini B.Urbanová M.Vodenková S.Pazourková E.Veškrnová V.Levy M.Buchler T.Mokrejs M.Naccarati A.Vodička P.Vymetálková V. Datum vydání 2021 Metadata Mutagenesis. 36(5): 358-268.

Analysis of MicroRNA Expression Changes During the Course of Therapy In Rectal Cancer Patients.

 AutořiČervená K.Novosadová V.Pardini B.Naccarati A.Opattová A.Horák J.Vodenková S.Buchler T.Skrobanek P.Levy M.Vodička P.Vymetálková V. Datum vydání 2021 Metadata Frontiers in Oncology. 11: 702258.

Local Immune Changes in Early Stages of Inflammation and Carcinogenesis Correlate with the Collagen Scaffold Changes of the Colon Mucosa.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiČaja F.Stakheev D.Chernyavskiy O.Kubinová L.Krizan J.Dvořák J.Rossmann P.Štěpánková R.Makovický P.Makovický P.Vymetálková V.Souček P.Vodička P.Vodičková L.Levý M.Vannucci L. Datum vydání 2021 Metadata Cancers. 13(10): 2463.

Genetic variations in microRNA-binding sites of solute carrier transporter genes as predictors of clinical outcome in colorectal cancer.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiBendová P.Pardini B.Susová S.Rosendorf J.Levy M.Skrobánek P.Buchler T.Král J.Liska V.Vodičková L.Landi S.Souček, P.Naccarati A.Vodička P.Vymetálková V. Datum vydání 2021 Metadata Carcinogenesis. 42(3): 378-394.

The dynamics of telomere length in primary and metastatic colorectal cancer lesions

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiKroupa M.Kubecek O.Tomášová K.Hanák P.Krupová M.Červená K.Šišková A.Rosendorf J.Hosek P.Vodičková L.Vodička P.Liška V.John S.Vymetálková V.Petera J. Datum vydání 2023 Metadata Sci Rep . 2023 Jun 5;13(1):9097. doi: 10.1038/s41598-023-35835-9.

Differences in genome, transcriptome, miRNAome, and methylome in synchronous and metachronous liver metastasis of colorectal cancer

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiHorák J.Kubecek O.Šišková A.Hoňková K.Chvojková I.Krupova M.Manethova M.Vodenková S.García-Mulero S.John S.Cecka F.Vodičková L.Petera J.Filip S.Vymetálková V. Datum vydání 2023 Metadata Front Oncol . 2023 Apr 27;13:1133598. doi: 10.3389/fonc.2023.1133598. eCollection 2023.

MUC13-miRNA-4647 axis in colorectal cancer: Prospects to identifications of risk factors and clinical outcomes.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiSojka L.Opattová A. Bartů L.Horák J.Kořenková V.Novosadová V.Krížková V.Bruha J.Liška V.Schneiderová M.Kubecek O.Vodičková L.Urbanová M.Simsa J.Vodička P.Vymetálková V. Datum vydání 2023 Metadata Oncology Letters. 25 (2): 72.

An investigation of DNA damage and DNA repair in chemical carcinogenesis triggered by small-molecule xenobiotics and in cancer: Thirty years with the comet assay.

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiVodička P.Vodenková S.Horák J.Opattová A.Tomášová K.Vymetálková V.Stetina R.Hemminki K.Vodičková L. Datum vydání 2023 Metadata Mutation Research – Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis. 885: 503564.

Diagnostic and prognostic impact of cell-free DNA in human cancers: Systematic review

 OdděleníOddělení molekulární biologie nádorů AutořiČervená K.Vodička P.Vymetálková V. Datum vydání 2019 Metadata Mutat Res Rev Mutat Res . 2019 Jul-Sep;781:100-129. doi: 10.1016/j.mrrev.2019.05.002. Epub 2019 May 11.