Archiv Jana Patočky založili Ivan Chvatík a Pavel Kouba v lednu 1990 v rámci Filosofického ústavu Československé akademie věd jako specializované oddělení.

Toto oddělení má kořeny v roce 1977, kdy se Patočkovi žáci Ivan Chvatík, Jiří Polívka, Jiří Michálek a Miroslav Petříček postarali o zajištění a uložení Patočkových rukopisů na bezpečné místo, kde by je nenašla policie, a začali vydávat samizdatový Archivní soubor Patočkových prací. Do listopadu roku 1989 bylo vydáno 27 svazků. Za tento vydavatelský počin byli Ivan Chvatík, Radim Palouš, Pavel Kouba, Miroslav Petříček a Jan Vít v roce 1990 poctěni cenou Československé akademie věd. Od roku 1993 je Archiv Jana Patočky součástí Centra pro teoretická studia, které je společným pracovištěm Univerzity Karlovy a Akademie věd České republiky.

Smyslem Archivu je studium a pokus o výklad filosofického dědictví Jana Patočky, vydávání jeho prací, zejména příprava Sebraných spisů Jana Patočky pro nakladatelství OIKOYMENH, a shromažďování rukopisů, obrazového materiálu a dalších dokumentů spojených s jeho životem a jaho filosofickým usilováním.

Složení AJP:

Jan Frei   (vedoucí)   e-mail

Ivan Chvatík   (zástupce vedoucího)   e-mail

Pavel Kouba   (vědecký pracovník)   e-mail

Alexander Matoušek (vědecký pracovník)   e-mail

Pavel Sladký (vědecký pracovník)

Ladislava Švandová   (odborný pracovník)   e-mail

Jan Vít (projekt Patočka Digital)