Klastry Oddělení teoretické chemie
A: Přístrojové vybavení - výpočetní klastry
1) Klastr fock.jh-inst.cas.cz (960 jader)
- 29 výpočetních uzlů + server
- Každý uzel sestáva ze 2 procesorů Intel Xeon Gold 6226R @ 2.9 GHz (32 jader), 384 GB RAM, 3 TB SSD paměti na pevných discích
- Spojení prostřednictvím dvou ethernetových sítí s přenosovou rychlosti 1 Gb/s
- 24 kVA záložní zdroj
- operační systém Debian GNU/Linux s frontovým systémem SoGE
2) Klastr kohn.jh-inst.cas.cz (616 jader)
- 54 výpočetních uzlů + server
- 20 uzlů sestáva ze 2 procesorů Intel Xeon E5-2667 v3 @ 3.2 GHz (16 jader), 128 GB RAM and 34 uzlů ze 2 procesorů Intel Xeon X5687 @ 3.6 GHz (8 cores), 48 GB RAM, 4 TB paměti na pevných discích
- Spojení prostřednictvím třech sítí: 2x ethernet s přenosovou rychlosti 1 Gb/s a 1x InfiniBand s přenosovou rychlosti 40 Gb/s
- 20 kVA záložní zdroj
- operační systém Debian GNU/Linux s frontovým systémem SoGE
3) Klastr gpu.jh-inst.cas.cz (612 jader)
- 28 výpočetních uzlů + server
- Každý uzel sestáva ze 2 procesorů Intel Xeon, několik generací a architektur počínaje X5675 @ 3.07 GHz (12 jader) až po Gold 6226R @ 2.9 GHz (32 jader), up to 750 GB RAM, 2-4 TB paměti na pevných discích
- 12 uzlů vybavených grafickou kartou Nvidia Tesla
- 1 uzel vybaven výpočetní kartou Intel Xeon Phi
- Spojení prostřednictvím dvou ethernetových sítí s přenosovou rychlosti 1 Gb/s
- 16 kVA záložní zdroj
- operační systém Debian GNU/Linux s frontovým systémem SoGE
B: Dostupné metody
1) Výpočetní klastry jsou vybaveny následujícím volně dostupným i komerčním software
- Kompilátory: Intel, GNU
- Knihovny: Intel MPI, Intel MKL, OpenMPI, OFED, FFTW, Global Arrays
- Kvantově chemické programy: CP2K, CRYSTAL, DALTON, GAMESS(US), Gaussian, Molpro, Molcas, Molden, NWChem, ORCA, TmoleX, Turbomole, VASP, VMD
2) Metody částečně nebo plně vyvíjené na našem oddělení
- Metoda diskrétní momentové reprezentace (DMR) pro vibračně neelastické kolize elektronů s mnohoatomovými molekulami (plně vyvinuta u nás)
- Metoda dvouelektronové R-matice pro popis velkých Rydbergových molekul (plně vyvinuta u nás)
- Multireferenční metody spřažených klastrů (MRCC) v Hilbertově prostoru včetně jejich lokálních implementací s využitím párových přirozených orbitalů (LPNO)
- Metoda renormalizační grupy matice hustoty (DMRG) pro silně korelované systémy
- Metody spřažených klastrů externě korigovány metodou DMRG, včetně jejich LPNO verzí
- Neadiabatická molekulová dynamika se spinorbitální interakcí implementovaná v programu Newton-X
![](https://webarchiv.lib.cas.cz:443/wayback/20240405182445im_/https://www.jh-inst.cas.cz/sites/www.drupal/files/data/dept-images/department-of-theoretical-chemistry.png)
Oddělení teoretické chemie
Zástupce vedoucího