Oddělení zajišťuje provozně ekonomický chod ústavu. Ekonomické oddělení vede účetnictví ústavu, zajišťuje evidenci a finanční vedení vědeckých projektů a grantů, konzultuje finanční návrhy podávaných projektů a grantů, zabezpečuje infrastrukturu, správu movitého i nemovitého majetku, zabezpečuje kontakt se zřizovatelem Akademií věd ČR, finančními úřady, auditory atd.

Vedoucí oddělení: 
Ing. Petra Broskevičová
Členové a členky oddělení: 
Mgr. Petra Pekárková
Bc. Zuzana Řezníčková
Ing. Martina Valášková
Bc. Miroslava Vobecká
Ing. Petr Doubek
Marie Bitterová
Lenka Čechová
Marcela Podlesná
Marie Válová
Romana Prchalová Hocková
Mgr. Nina Adler
Ksenia Polyak