17. 01. 2024
Základní informace
Kurz je určen pro účastníky se základními znalostmi zpracování obrazu. V rámci kurzu se zaměříme na automatizaci analýz, zpracování velkého množství dat a základy skriptování. Účastníci kurzu se naučí, jak vytvářet a upravovat makra v programu ImageJ a jak psát sofistikovanější skripty pro zpracování více mikroskopických snímků najednou. Dále se seznámí se základy zpracování obrazu v programu Matlab a CellPose.
Délka kurzu: 3 dny
Registrační poplatek: zdarma
Jazyk kurzu: angličtina
Program
Místo: Tyrkysová posluchárna
Přednášející: Barbora Hyklová, Štěpán Kortus, Iva Švecová, Jakub Zahumenský
Den 1 / středa / 13. 11. 2023
Úvod, nahrávání a editace maker v programu ImageJ
Den 2 / čtvrtek / 14. 11. 2023
Vytváření komplexních maker pro hromadné zpracování dat – automatický import, segmentace buněk, sledování částic, měření vybraných veličin, export
Segmentace buněk pomocí programu CellPose
Den 3 / pátek / 15.11. 2023
Úvod do Matlabu: základy, import obrázků, registrace, kombinování dat z více modalit (SMLM a WF), vytváření skriptů
Požadavky
Základní znalost práce s ImageJ: Účastníci by měli mít základní znalost programu ImageJ a jeho základních funkcí. Měli by být seznámeni s úkony, jako je např. import snímků, základní úpravy snímku (úprava jasu/kontrastu aj.) a měření vybraných veličin.
Vlastní notebook: Účastníci jsou povinni si přinést vlastní notebook. Pokud to není možné, kontaktujte nás prosím. Před akcí obdržíte seznam programů potřebných pro použití během kurzu, včetně příslušných návodů k instalaci.