Badatelská činnost Oddělení muzikologie je zaměřena na bohemikální aspekty dějin a teorie hudby v rozmezí sedmnáctého až dvacátého století. Členové oddělení rozvíjejí vlastní témata formulovaná v souladu s výzkumnými prioritami ústavu, zároveň oddělení zahajuje práci na rámcovém týmovém úkolu zacíleném na zkoumání koncertního života v českých zemích. K pravidelně pořádaným akcím patří mezinárodní konference o italské opeře osmnáctého století (Český Krumlov) a k aktuálním otázkám mozartovského výzkumu (Praha) organizované Miladou Jonášovou. Oddělení pořádá také přednáškový cyklus Dialogo della musica. V řadě dílčích projektů v rámci programu Strategie AV21 byla, nebo stále je řešena problematika tematických katalogů a inventářů (Václav Kapsa), pražské mozartovské vily Bertramka (Milada Jonášová), žen v české hudební kultuře 19. století, konceptů identit v českém kulturním životě v době krize se zaměřením na (polo)soukromý prostor (Anja Bunzel) a české operety s jejími mezinárodními kontexty (David Vondráček).
V rámci nakladatelství Artefactum oddělení vydává kritickou ediční řadu Academus Edition, příspěvky z konferencí o italské opeře jsou publikovány v ediční řadě L’opera italiana nei territori boemi durante il Settecento v nakladatelství Academia. Oddělení muzikologie je sídlem redakce odborného oborového muzikologického časopisu Hudební věda (Roman Dykast, Markéta Janková).
V současnosti jsou v oddělení řešeny dva projekty GA ČR: Vývoj zkoumání populární hudby v českých zemích v kontextu středoevropské kultury a politiky od roku 1945 (s Univerzitou Palackého v Olomouci, řešitel Aleš Opekar, 2021–2024) a Polosoukromé hudební praxe v Praze, Vídni a Berlíně (1815–1850): Hudební repertoár v dobovém sociokulturním kontextu (řešitelka Anja Bunzel, 2022–2024).
Oddělení poskytuje zázemí pro badatele ucházející se o Fellowship Josefa Dobrovského. Pracovnice a pracovníci oddělení spolupracují s řadou oborových pracovišť včetně vysokých škol, podílejí se na práci grantových komisí a redakčních rad oborových časopisů.
