Měsíční stáž v našem ústavu absolvují tři vědkyně z Moldavska. Naučí se zde bioinformatické postupy, které jim pomohou při výzkumu vážné choroby rajčat. Pobyt se koná díky projektu ChallengeFund v rámci rozvojové pomoci OSN.

Moldavsko je jednou z nejchudších zemí Evropy, což pochopitelně omezuje zavádění moderních vědeckých metod v tamních výzkumných institucích. Jednou z možností, jak moldavským badatelům a badatelkám pomoci udržet krok s vývojem ve světě, je rozvojová pomoc OSN.

Konkrétně jde o program Czech-UNDP Partnership for Sustainable Goals. Organizačně jej zajišťuje Rozvojový program OSN (United Nations Developmental Program neboli UNDP) a finance poskytuje Ministerstvo zahraničních věcí ČR. Program propojuje české odborníky s vědci z několika méně rozvinutých zemí, mezi něž patří také Moldavsko.

Vedoucí naší Laboratoře transkriptomiky a genového inženýrství Karel Müller vede v roce 2024 projekt, jehož cílem je předat moldavským kolegům zkušenosti s transkriptomikou. Touto pokročilou metodou lze měřit v biologických vzorcích aktivitu tisíců genů současně a zjišťovat tak, které geny jsou důležité pro různé procesy odehrávající se v organismu.

Doktor Müller navázal spolupráci s doktorkou Lidií Tumanovou z Moldavské státní univerzity v Kišiněvu. Její laboratoř zkoumá bakteriální chorobu stolbur, která působí vážné škody na rajčatech, vinné révě, jabloních nebo švestkách.

Zleva Miloslav Juříček, Karel Müller, Irina Mitina, Cristina Grajdieru, Aighiuni Bahsiev a Tomáš Moravec během stáže moldavských vědkyň v Ústavu experimentální botaniky AV ČR.

Původcem stolburu je Phytoplasma solani, bakterie ze skupiny takzvaných fytoplazem. Tým doktorky Tumanové doufá, že transkriptomika mu pomůže efektivněji prozkoumat molekulární podstatu odolnosti rajčat vůči tomuto patogenu.

Vědkyně z týmu nejprve připravily vzorky z odrůd rajčat, které jsou různě citlivé na infekci fytoplazmou. Experti z pracoviště našeho ústavu v Olomouci pak ve vzorcích „přečetli“ genetickou informaci, z níž je možné stanovit aktivitu jednotlivých genů.

„Od olomouckých kolegů jsme dostali velký objem hrubých dat. Pro jejich zpracování a vyhodnocení je potřeba ovládat některé metody bioinformatiky, tedy počítačového zpracování rozsáhlých biologických dat. Jde přitom o nejdůležitější – a také nejpracnější – krok transkriptomických analýz. Proto bude tématem měsíční stáže moldavských kolegyň u nás na pražském pracovišti,“ vysvětluje Karel Müller.

Do Prahy přijely tři bioložky z kišiněvské laboratoře: doktorské studentky Aighiuni Bahsiev a Cristina Grajdieru a badatelka s mezinárodními zkušenostmi Irina Mitina. Celý červen je budou Karel Müller spolu s Miloslavem Juříčkem učit bioinformatické postupy používané v transkriptomice.

Stážistky si osvojovaly nové metody na počítačích…

Cenné je, že vědkyně budou jako výukový materiál používat data ze svého vlastního experimentu. Získají základní znalosti, které pak budou dál rozvíjet doma v Moldavsku, kam si odvezou instalační balíčky příslušného softwaru.

S molekulárním biologem Tomášem Moravcem si navíc v Praze připraví zásobu speciálního enzymu nezbytného pro další experimentální práci.

„Výsledkem stáže by měla být identifikace potenciálně zajímavých genů, jejichž aktivita může souviset s reakcí rajčat na infekci fytoplazmou. V ideálním případě půjde o geny, které rostlinám pomáhají se proti tomuto patogenu bránit,“ říká Karel Müller.

Po návratu do Moldavska by měly bioložky dále zkoumat vytipované geny pomocí jiných metod. Plánují také zavést transkriptomiku ve své laboratoři jako nástroj pro výzkum stolburu na rajčatech, případně i na jiných plodinách – například na vinné révě, která je pro moldavské zemědělství velmi důležitá.

Svoje zkušenosti budou na podzim 2024 prezentovat na dvou odborných konferencích. Uvažují také o workshopech pro další týmy z kišiněvské univerzity.

… i v laboratoři.