Horizont Evropa má pilířovou strukturu.  

První pilíř se věnuje excelentní vědě, jmenovitě projektům Evropské rady pro výzkum (ERC) a akcím Marie Skłodowska-Curie (MSCA sítě pro doktorandy, MSCA individuální granty pro postdoktorandy, MSCA výměnné pobyty, MSCA COFUND a MSCA a občané). Součástí tohoto pilíře jsou i výzkumné infrastruktury.

Druhý pilíř se zaměřuje na globální výzvy a konkurenceschopnost evropského průmyslu. Tento pilíř kromě Společného výzkumného střediska (JRC) sdružuje šest širokých tematických klastrů, které reprezentují oblasti globálních výzev (spíše než zacílení na jednotlivá odvětví). Konkrétní priority každého klastru jsou rozděleny do tzv. oblastí intervence. Jedná se o následující klastry a oblasti:

1. Zdraví (Celoživotní zdraví; Environmentální a sociální faktory zdraví; Nepřenosné nemoci a vzácná onemocnění; Infekční nemoci; Nové nástroje, technologie a digitální řešení pro zdravotnictví; Systémy zdravotní péče)
2. Kultura, kreativita a inkluzivní společnost (Demokracie a správa věcí veřejných; Kulturní dědictví; Socioekonomická transformace)
3. Civilní bezpečnost pro společnost (Společnosti odolné vůči katastrofám; Ochrana a bezpečnost; Kybernetická bezpečnost)
4. Digitalizace, průmysl a vesmír (Výrobní technologie; Klíčové digitální technologie; Pokročilé materiály; Vznikající průlomové technologie; Umělá inteligence a robotika; Internet nové generace; Pokročilá výpočetní technika a data velkého objemu; Oběhový průmysl; Nízkouhlíkový a ekologický průmysl; Vesmír, včetně pozorování Země)
5. Klima, energetika a doprava (Věda a řešení v oblasti klimatu; Dodávky energie; Energetické soustavy a sítě; Budovy a průmyslová zařízení v energetické transformaci; Obce a města; Konkurenceschopnost průmyslu v dopravě; Čistá, bezpečná a přístupná doprava a mobilita; Inteligentní mobilita; Skladování energie)
6. Potraviny, bioekonomika, přírodní zdroje, zemědělství a životní prostředí (Pozorování životního prostředí; Biodiverzita a přírodní zdroje; Zemědělství, lesnictví a venkovské oblasti; Moře, oceány a vnitrozemské vody; Potravinové systémy; Inovační systémy založené na biotechnologiích v bioekonomice EU; Oběhové systémy)

V pilíři bude zahrnuto i pět misí s jasně definovanými ambiciózními cíli.

Třetí pilíř se věnuje konceptu inovativní Evropy. Do tohoto pilíře patří Evropská rada pro inovace (EIC), jejímiž hlavními nástroji jsou EIC Pathfinder, EIC Transition a EIC Accelerator. Dále se sem řadí také Evropský inovační a technologický institut (EIT) a téma evropských inovačních ekosystémů.

Důležitým akcentem pro Českou republiku by měly být projekty, které jsou součástí sekce rozšiřování účasti a posílení ERA. EK chápe rozšiřování účasti jakožto příležitost pro státy EU-13, aby se mohly co nejvíce zapojit do projektů RP Horizont Evropa, a upevnit tím svoji pozici v ERA. Hlavními nástroji jsou především TEAMING, TWINNING, ERA Chairs.