Pokroky v extrakci a analýze DNA z historických fungářových položek pomocí tradičních sekvenovacích metod i metod nové generace umožňují upřesnit vymezení druhových hranic i pro druhy popsané v minulosti. Současně ale dochází v taxonomických pracích k přílišnému spoléhání se na molekulární data a opomíjení fenotypových znaků, což může vést k nesprávným taxonomickým názorům. Optimální je využití obou přístupů jak při studiu biodiverzity, tak při popisu nových druhů.
Předchozí díly seriálu
Od popisu druhové bohatosti po hledání těch správných jmen u hub I. (2023, 3)
Od popisu druhové bohatosti po hledání těch správných jmen u hub II. (2023, 4)
K dalšímu čtení v Živě
Kam na houby? Do bachoru! (2007, 2)
Řekni mi, kde rosteš, já ti povím, jaká jsi (2013, 1)
Principy sekvenování DNA vybranými moderními metodami (2017, 3)
Moderní metody sekvenování DNA (2017, 3)
Endofyty – všudypřítomní kolonizátoři rostlinných pletiv (2017, 5)
Citovaná a použitá literatura
BRADSHAW, Michael J., et al. Genetic time traveling: sequencing old herbarium specimens, including the oldest herbarium specimen sequenced from kingdom Fungi, reveals the population structure of an agriculturally significant rust. New Phytologist, 2023, 237.4: 1463-1473.
FORIN, Niccolò, et al. Next generation sequencing of ancient fungal specimens: the case of the Saccardo mycological herbarium. Frontiers in Ecology and Evolution, 2018, 6: 129.
FORIN, N., et al. Illuminating type collections of nectriaceous fungi in Saccardo's fungarium. Persoonia-Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, 2020, 45.1: 221-249.
FORIN, Niccolò, et al. Taxonomic re-examination of nine Rosellinia types (Ascomycota, Xylariales) stored in the Saccardo mycological collection. Microorganisms, 2021, 9.3: 666.
LARSSON, Ellen; JACOBSSON, Stig. Controversy over Hygrophorus cossus settled using ITS sequence data from 200 year-old type material. Mycological Research, 2004, 108.7: 781-786.
LINDNER, Daniel L.; BANIK, Mark T. Intragenomic variation in the ITS rDNA region obscures phylogenetic relationships and inflates estimates of operational taxonomic units in genus Laetiporus. Mycologia, 2011, 103.4: 731-740.
STADLER, Marc, et al. Intragenomic polymorphisms in the ITS region of high-quality genomes of the Hypoxylaceae (Xylariales, Ascomycota). Mycological Progress, 2020, 19: 235-245.
ZAMORA, Juan Carlos, et al. Considerations and consequences of allowing DNA sequence data as types of fungal taxa. IMA fungus, 2018, 9: 167-175.
Progress in DNA extraction and analysis from historical fungal collections using traditional and next-generation sequencing methods also enables us to improve species delimitations in species described in the past. At the same time, too much emphasis is given to molecular data, while the phenotype is omitted in taxonomic studies, which may lead to incorrect taxonomic statements. Ideally, both approaches should be used when the biodiversity of fungi or new species for science are described.
