Projektový tým je základní řídící jednotkou. Je poradním orgánem ředitele ústavu pro realizaci projektu. V průběhu realizace projektu a v době jeho udržitelnosti se bude význam a váha jednotlivých členů realizačního týmu měnit. Zatímco v době realizace projektu budou hlavní především manažerské pozice, v době udržitelnosti projektu budou nabývat na významu pozice garantů a to jak garantů jednotlivých technologických skupin, tak garantů za partnery a zástupce spolupracujících subjektů. Skupina garantů vytvoří Radu Centra, která bude poradním orgánem ředitele ÚFCH JH v otázkách činnosti Centra. Rada Centra bude připravovat již v době realizace Centra návrhy odborné činnosti Centra podle požadavků průmyslových partnerů, předkládat návrhy projektů do výzkumných programů VaVaI ČR (GAČR, MPO příp. zahájené Technologické GA), návrh účasti v OP Praha Adaptabilita, návrhy projektů do vědeckých programů 7. RP Evropské unie, s využitím Evropských sítí excellence, na kterých se v současné době ÚFCH JH již podílí. Význam garantů nositele a garantů partnerů se samozřejmě ještě zvýší v době udržitelnosti projektu.

Centrum je integrální částí ÚFCH JH, avšak vedené jako účetně oddělené samostatné středisko. Za provoz Centra bude odpovědný technický manažer, který bude odpovídat za technické a administrativní záležitosti Centra. Bude přímo podřízený řediteli ústavu. Po odborné stránce budou zodpovědní za jednotlivé technologické celky a jejich využití odborní garanti.

V období realizace projektu se projektový tým schází minimálně 1x měsíčně a projednává veškeré otázky spojené s realizací projektu. Mezi jeho hlavní úkoly patří: