Předmětem hlavní činnosti Ústavu systémové biologie a ekologie AV ČR, v.v.i., (ÚSBE) je vědecký výzkum zaměřený na analýzu dynamiky přírodních systémů, jejichž základní charakteristikou je prostorová a funkční dynamika v jistém zjednodušení sledovatelná na základě analýzy toku energie, látek a informací daným systémem.

Vědecká činnost ÚSBE se orientuje na systémový přístup výrazně spojený s metodologickou náplní širšího oborového pojmu systémová biologie/ekologie. Ústav přispívá ke zvyšování úrovně poznání a vzdělanosti a využití výsledků vědeckého výzkumu v praxi. Získává, zpracovává a rozšiřuje vědecké informace, vydává vědecké publikace, časopisy, sborníky apod., poskytuje vědecké posudky, stanoviska a doporučení a provádí konzultační a poradenskou činnost. Ve spolupráci s vysokými školami uskutečňuje doktorské studium a vychovává vědecké pracovníky. V rámci předmětu své činnosti rozvíjí mezinárodní spolupráci, včetně organizování společných výzkumů se zahraničními partnery, přijímání a vysílání stážistů, výměny vědeckých poznatků a přípravy společných publikací.

Ústav pořádá vědecká setkání, konference a semináře, včetně mezinárodních, a provozuje ubytovací služby v ubytovacích prostorech. Úkoly realizuje samostatně i ve spolupráci s vysokými školami a dalšími vědeckými a odbornými institucemi veřejného i soukromého sektoru.