Projekty
Výzkumný záměr ústavu
2005-2010 Reg. kód AV0Z60170517, Struktura, funkce a vývoj vodních ekosystémů (J. Matěna)
Projekt programu podpory cíleného výzkumu
2005-2009 Reg. kód 1QS600170504, Limnologické základy trvale udržitelného obhospodařování ÚN
Projekty Evropské unie (6. rámcový program)
2004-2009 Reg. kód GOCE-CT-2003-505298, Dlouhodobé změny biodiverzity a ekosystémů(ALTERNET) (V. Straškrábová )
2004-2009 Reg. kód GOCE-CT-2003-505540, Vliv globálních změna na evropské sladkovodní ekosystémy (EURO-LIMPACS) (J. Kopáček)
Projekt podporovaný "Norským finančním mechanismem"
2007-2011 Reg. kód EEA NFM CZ0051, Odhad vlivu Gothenburgského protokolu na acidifikované a eutrofizované půdy a vody (J. Kopáček, J. Matěna)
2008-2011 Reg. kód EEA NFM CZ0091, Monitorování rybích obsádek českých nádrží (J. Kubečka, J. Peterka)
Projekt podporovaný Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy ČR
2008-2009 Reg. kód MEB 040803, Odhad velikosti rybí obsádky v jezeře Balaton a některých jiných mělkých nádržích pomocí akustických metod (J. Frouzová)
Projekty podporovaná Ministerstvem zemědělství ČR
2008-2012 Reg. kód QH81046, Optimalizace biomanipulačního efektu dravých ryb v ekosystému vodních nádrží. (J. Kubečka)
2008-2011 Reg. kód QH82078 (NAZV), Retence vody v nivách a možnosti jejího zvýšení (J. Žaloudík)
2008-2011 Reg. kód QH81012, Aerační technologie pro redukci klidových stádií sinic a biodostupnosti
živin v sedimentech nádrží (J. Borovec)
Projekty GA AV ČR
2007-2009 Reg. kód KJB600960703, Využití kombinace morfologického, ekologického a molekulárně-biologického přístupu v klasifikaci planktonních sinic rodu Anabeana (E. Zapomělová)
2008-2010 Reg. kód KJB600960810, Vliv kvantity a kvality potravy na změnu kompetitivní úspěšnosti mezi 0+ okounem a ploticí (J. Peterka).
Projekty GA ČR
2007-2010 Reg. kód 206/07/1392, Horizontální akustické průzkumy a chování ryb ve volné vodě (J. Kubečka)
2007-2011 Reg. kód 206/07/1200, Limitující faktory a omezení biologického zotavování z acidifikace (J. Vrba)
2007-2009 Reg. kód 206/07/P407, Mixotrofní výživa sinic a řas tvořících letní fytoplankton údolní nádrže Římov (P. Znachor)
2008-2012 Reg. kód 206/08/0015, Ekofyziologické charakteristiky kmenů z hlavních skupin bakterioplanktonu údolní nádrže a jejich mortalita způsobená predací prvoků a virovou lyzí
(K. Šimek)
Mezinárodní projekty
2008-2010 Interreg IV, Příhraniční projekt s Německem, Přeshraniční ochrana vod v povodí Drachensee (J. Žaloudík)
2009-2010 Odhad rybářského výnosu v jezerech - Institut für Binnenfescherei e.V. Postdam, Německo (J. Kubečka)
2009-2010 Průzkum španělských nádrží. Španělské ministerstvo životního prostředí (J. Kubečka)
2009-2010 Reg. kód A/CZ0046/2/0029, Monitorování prostředí údolních nádrží - co nám řeknou rybářská data a modely? Norwegian Education Fund, Norsko (J. Kubečka)
Hospodářské smlouvy
2008-2009 Reg. kód 300/7085, Komplexní odhad rybích obsádek ÚN Lučina a Římov (J. Kubečka, J. Matěna), Povodí Vltavy
2008-2009 Reg. kód OŽPP/Ra/257/2008 Komplexní odhad rybí obsádky v jezeře Chabařovice v roce 2008 (J. Peterka, J. Kubečka) Palivový kombinát Ústí nad Labem
2008-2009 Reg. kód 1091/2008 Obsah biologicky dostupného fosforu v sedimentech nádrže Karhov (J. Hejzlar, J. Matěna) Povodí Vltavy
2008-2009 Reg. kód 200146 Identifikace rybí obsádky v nádrží BIESBOSCH (J. Kubečka, J. Frouzová) EVIDES, WATERBEDRIJF, Rotterdam - Holandsko