Předmětem hlavní činnosti Ústavu systémové biologie a ekologie AV ČR, v.v.i., (ÚSBE) je vědecký výzkum zaměřený na analýzu dynamiky toku energie, látek a informací přírodními systémy od úrovně molekul po úroveň krajiny. Vědecká činnost ÚSBE se orientuje na systémový přístup výrazně spojený s metodologickou náplní širšího oborového pojmu systémová biologie/ekologie. Ústav přispívá ke zvyšování úrovně poznání a vzdělanosti a využití výsledků vědeckého výzkumu v praxi. Získává, zpracovává a rozšiřuje vědecké informace, vydává vědecké publikace, časopisy, sborníky apod., poskytuje vědecké posudky, stanoviska a doporučení a provádí konzultační a poradenskou činnost. Ve spolupráci s vysokými školami uskutečňuje doktorské studium a vychovává vědecké pracovníky. V rámci předmětu své činnosti rozvíjí mezinárodní spolupráci, včetně organizování společných výzkumů se zahraničními partnery, přijímání a vysílání stážistů, výměny vědeckých poznatků a přípravy společných publikací. Ústav pořádá vědecká setkání, konference a semináře, včetně mezinárodních, a provozuje ubytovací služby v ubytovacích prostorech. Úkoly realizuje samostatně i ve spolupráci s vysokými školami a dalšími vědeckými a odbornými institucemi veřejného i soukromého sektoru.