Výzkumné aktivity oddělení jsou zaměřeny na populační biologii přírodních populací drobných zemních savců, zvláště pak na jejich genetickou diverzitu v isolovaných habitatech v člověkem pozměněné krajině, s cílem vyjasnit vliv fragmentace anthropogenní krajiny na tuto ekologickou skupinu savců. Taxonomie, biogeografie a ekologie dravých půdních roztočů čeledi Rhagidiidae (Acari, Prostigmata) je studována v celosvětovém kontextu s cílem jejich praktického využití jako indikátorů změny podmínek přírodního prostředí, zejména paleorefugií v přírodních jeskyních, horském prostředí a chladných podmrzajících sutích.
Zavedení metod molekulární taxonomie a fylogeografie do studia mezipopulační genetické divergence a vnitropopulační diverzity těchto modelových skupin organizmů jsou současnými prioritními úkoly laboratoře.