Předmětem hlavní činnosti Pracovní skupiny ekofyziologie fotosyntézy je rozšíření znalostí o základním ekofyziologickém procesu v rostlinách- fotosyntéze. V současné době se tým orientuje na  sledovaní asimilační schopnosti rostlin v podmínkách dynamických změn vnějšího prostředí (dynamického světelného režimu) a v podmínkách zvýšené koncentrace CO₂. Současně je sledována pravděpodobnost synergických účinků s dalšími vnějšími faktory prostředí a uplatnění zpětnovazebných reakcí při regulaci rychlosti asimilace, tzn. že při práci jsou uplatňovány principy systémové ekologie.  

Asimilační schopnost je stanovována jako rychlost asimilace CO₂, která je měřena gazometrickou metodou. Gazometrická metoda je doplňována metodou fluorescenční.  Jednou z oblastí zájmu je najít vztah mezi gazometrickou a fluorescenční metodou, který by významně přispěl k využívání parametrů získaných multi-spektrálními sensory, které mají velký potenciál zpřesnit znalosti o tocích CO₂ mezi porostem a atmosférou.

Skupina dlouhodobě spolupracuje s Přírodovědeckou fakultou OU v Ostravě, Laboratoří fyziologie a ekologie USBE AV ČR v Nových Hradech a Lesnickou a dřevařskou fakultou MZLU v Brně.