Fotosyntetické organely eukaryot vznikly endosymbiózou, procesem, při kterém došlo k pohlcení fotosyntetické bakterie nebo eukaryotické řasy nefotosyntetickým eukaryotem. Tento jev měl za následek široké rozšíření fototrofie mezi eukaryoty z různých říší (Archaeplastida, Chromalveolata, Rhizaria, Excavata). Řada těchto organismů pak fotosyntézu v průběhu evoluce zase ztratila. Kromě zisku fotoautotrofie má endosymbióza zásadní důsledky pro mozaikovou skladbu genomu eukaryot a též pro získání nových vlastností a schopností.
str. 50
Chromera velia, nejbližší fotosyntetický příbuzný prvoků kmene výtrusovců (Apicomplexa), ve světelném (A) a transmisním elektronovém mikroskopu (B). Tato plně fotosyntetická řasa izolovaná z korálů obsahuje jeden plastid (P), jednu mitochondrii (M) a typické eukaryotické jádro (J). Foto M. Oborník