Oddělení Sociologie vzdělání a stratifikace se zaměřuje na výzkum sociálních nerovností a proměn sociální stratifikace v národní i mezinárodně-komparativní perspektivě. Zabývá se rovněž subjektivními stránkami sociální stratifikace, vnímáním sociálních nerovností a vývojem představ o sociální spravedlnosti. Ve spolupráci s týmem ekonomické sociologie se oddělení podílelo na publikacích Zpráva o vývoji české společnosti 1989 – 1998 (Academia 1998) a Ten Years of Rebuilding Capitalism. Czech Society after 1989 (Academia 1999). Práce oddělení do r. 1999 je shrnuta v monografii Petra Matějů a Kláry Vlachové Nerovnost, spravedlnost, politika (Slon 2000). V centru zájmu členů oddělení je v poslední době především vzdělanostní mobilita a nerovnosti v přístupu ke vzdělání. V roce 2003 oddělení ve spolupráci s The Center for Comparative and Global Studies in Education (State University of New York at Buffalo, USA) a pod záštitou Výboru pro vědu, vzdělání, kulturu, mládež a tělovýchovu Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky uspořádalo mezinárodní konferenci s názvem „Reforma univerzit a dostupnost vysokoškolského vzdělání – Konference k reformám terciárního vzdělávání a jeho dostupnosti se zvláštním zřetelem k situaci v zemích střední a východní Evropy“. Členové oddělení se podíleli na přípravě monografií (Ne)rovné šance na vzdělání: vzdělanostní nerovnosti v České republice (Petr Matějů, Jana Straková et al. Praha: Academia, 2006) a České vysoké školství na křižovatce: investiční přístup k financování studia na vysoké škole v sociologické reflexi (Natalie Simonová (ed.), Petr Matějů (vedoucí projektu), Praha: Sociologický ústav AV ČR, 2005).
Oddělení řeší projekty, které jsou zaměřeny především na zdroje vzdělanostních nerovností a způsoby jejich utváření. Mezi lety 2003 až 2005 to byly Bariéry implementace investičního přístupu k financování vysokoškolského studia a Ekonomické, sociální a kulturní zdroje vzdělanostních nerovností. Projekt Nerovnosti v šancích na vzdělání: jejich rozsah, zdroje, sociální a ekonomické důsledky, strategie řešení byl řešen v letech 2004 až 2009 a projekt Vzdělanostní mobilita a vzdělanostní nerovnosti v České republice mezi lety 1936 až 2004 byl realizován v období 2006 až 2008. Aktuálně je řešen projekt Od destratifikace ke stratifikaci? Vývoj sociálně-stratifikačního systému v České republice v letech 1991–2009.
