Ústav biologie obratlovců AV ČR, v.v.i. není členěn na samostatná vědecká oddělení. Vědečtí pracovníci jsou většinou řešitelé národních či mezinárodních projektů, v rámci kterých provádí základní a aplikovaný výzkum. Vědečtí pracovníci jsou přímo podřízeni řediteli ÚBO (či jeho zástupci). Ve vědeckých týmech dále pracují pre- i post-graduální studenti, post-doktorandi, odborní asistenti a technici, za které nese zodpovědnost řešitel projektu. Výzkum je rozdělen do čtyř základních výzkumných směrů. Jednotlivé směry mohou být vzájemně provázané, tj. jednotliví pracovníci se mohou podílet na řešení několika projektů zařazených do různých výzkumných směrů.