Libor Mořkovský

Mgr. Libor Mořkovský

Pozice: odborný pracovník
Zaměření: bioinformatika
Oddělení: Detašované pracoviště Studenec
Telefon:
Mobil: +420 728 817 636
E-mail: morkovsknatur.cuni.cz

Výzkumné směry

• evoluční genomika,
• bioinformatika,
• evoluce pohlavních chromosomů.

Vzdělání

• 1997–2005: Gymnázium České Budějovice.
• 2005–2008: bakalářské studium - Univerzita Karlova Praha, přírodovědecká fakulta, molekulární biologie a biochemie. Práce: Evoluce genového obsahu pohlavních chromosomů.
• 2008–2010: magisterské studium - Univerzita Karlova Praha, přírodovědecká fakulta, vývojová biologie. Diplomová práce: Charakterizace genového obsahu chromosomu Z u kura domácího.
• 2010-současnost: doktorské studium - Univerzita Karlova Praha, přírodovědecká fakulta, zoologie.Disertační práce: Genomika speciace u vybraných druhů ptáků, savců a ryb.

Zaměstnání

• 2010-současnost: Univerzita Karlova Praha, přírodovědecká fakulta, Laboratoř pro výzkum biodiverzity,
• 2012-současnost: Ústav biologie obratlovců, oddělení populační biologie Studenec.

Zkušenosti a praxe

• programování v jazycích: C/C++, Python, R, Perl, Matlab, bash, Java, PHP, Action Scipt,
• bioinformatika: BioConductor, Ensembl API, BioPerl, NumPy,
• statistika: využívání lineárních modelů a ordinačních metod (PCA, CCA, mds) pro analýzu expresních čipů fy Affymetrix, základní znalosti strojového učení (machinelearning),
• zkušenosti s gridovými výpočty: MetaCentrum – český národní grid: distribuované úlohy pro systémy PBS a Torque, Leibniz-Rechenzentrum v Mnichově: využívání vizualizačních superpočítačů (rozvrhováno systémem SGE), ESRF v Grenoble: paralelní zpracování dat v systému CONDOR,
• administrace linuxového serveru.

Projekt

Publikace

Mořkovský L., Pačes J., Rídl J., Reifová R.: Scrimer: designing primers from transcriptome data, Molecular Ecology Resources (2015) .