Podněty, rozpoznávání a reakce v koevolučních závodech ve zbrojení mezi hnízdními parazity a jejich hostiteli
Řešitel: doc. Ing. Marcel Honza, Dr.

Ektoparaziti na ptácích horských biotopů Kostariky: ekologie, biodiverzita a genetika
Spoluřešitel: Ing. Miroslav Čapek, CSc.

Hořavka duhová - ohrožený nebo nepůvodní druh středoevropské ichtyofauny?
Řešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

Biologie rypošovitých z mezických tropických oblastí (2008-2011)
Spoluřešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Vliv poklesu početnosti vydry říční (Lutra lutra) na genetickou variabilitu populací v České a Slovenské republice
Řešitel: Mgr. Petra Hájková, Ph.D.

Variabilita v přerozdělování zdrojů mezi fázemi hnízdního pokusu u kachen
Spoluřešitel: doc. Mgr. Tomáš Albrecht, Ph.D.

Lokusy kvantitativně dědičných znaků (QTL) agresivity samců myší domácích (2007-2009)
Řešitel: prom. biol. Jaroslav Piálek, CSc.

Evoluce antiparasitických strategií vybraných hostitelů vůči hnízdnímu parasitismu
Řešitel: doc. Ing. Marcel Honza, Dr.

Role MHC v sexuální selekci - observační a experimentální studie u tří modelových druhů obratlovců (2006-2008)
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Genetická struktura populací kamzíka horského ve střední Evropě (2006-2009)
Řešitel: prof. RNDr. Jan Zima, DrSc.

(Re)emergentní virové nákazy přenosné komáry
Řešitel: prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.

Fylogeografie a evoluční historie hrabošíka podzemního Microtus subterraneus (2006-2008)
Řešitel: Mgr. Natália Martínková, Ph.D.

Potravní chování, parazitární infekce a schopnost sebemedikace u introdukované populace šimpanzů v Rubondo Island National Park, Tanzánie
Řešitel: Mgr. Klára Petrželková, Ph.D.

Diverzita kultivovatelných mikroorganizmů v klíš?atech, vektorech patogenů obratlovců
Řešitel: RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D.

Behaviorální a genetické studium prezygotických izolačních bariér v hybridní zóně myši domácí (2005-2008)
Řešitel: prom. biol. Jaroslav Piálek, CSc.

Populační a genetická struktura pstruha obecného a lipana podhorního jako základ úspěšného rybářského obhospodařování lososových vod
Spoluřešitel: Ing. Karel Halačka, CSc.

Vliv reprodukčních strategií na individuální úspěšnost a populační parametry hořavky duhové: behaviorální a genetická studie
Řešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

Evropské populace rákosníka obecného na tahovém rozhraní: vhledy do migrační strategie analýzou sekvencí DNA, stabilních izotopů a zpětných hlášení
Řešitel: RNDr. Petr Procházka, Ph.D.

Druhová diversita a ekologie vybraných západoafrických obratlovců
Spoluřešitel: prof. RNDr. Petr Koubek, CSc.

Feeding behavior and possible medicinal plant use in a chimpanzee population in Rubondo Island National Park, Tanzania
Řešitel: Mgr. Klára Petrželková, Ph.D.

Denní a sezónní aktivita zpěvu rákosníků rodu Acrocephalus
Řešitel: Ing. Miroslav Čapek, CSc.

Role parazitů v procesu invaze ponto-kaspických hlaváčů v systému uměle propojených evropských řek
Řešitel: Mgr. Markéta Ondračková, Ph.D.

Adaptivní koexistence rozdílných životních strategií u ryb rodu Nothobranchius
Řešitel: Mgr. Matej Polačik, Ph.D.

Populační struktura, disperze a explorační chování v zóně sekundárního kontaktu myší domácích
Spoluřešitel: Mgr. Kateřina Janotová, Ph.D.

Biogeografie a evoluční historie dvou RNA virů v Africe
Řešitel: Joëlle Goüy de Bellocq, Ph.D.

Úloha interakcí predátor-kořist v koadaptaci termální biologie (2010-2013)
Řešitel: Mgr. Lumír Gvoždík, Ph.D.

Srovnávací fylogeografie jihovýchodní Afriky (region Zambezi) na modelu drobných savců
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Toll-like receptory u pěvců: popis, polymorfismus a evoluční důsledky alelické variability
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Genetická struktura populací jelena siky v České republice
Řešitel: prof. RNDr. Petr Koubek, CSc.

Demografie, metapopulační dynamika a ekologie ryb rodu Nothobranchius v Mozambiku
Řešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

Revize druhové struktury rodů Gobio a Romanogobio v euroasijském kontextu
Řešitel: Mgr. Jan Mendel, Ph.D.

Genetická diverzita a fylogeografie rodu Scotophilus
Řešitel: Mgr. Peter Vallo, Ph.D.

Analýza vybraných imunitních a fyziologických parametrů karasa stříbřitého, druhu s různou ploidií a atypickou reprodukční strategií
Řešitel: Ing. Lukáš Vetešník, Ph.D.

Personality, reprodukční strategie samců a role samic v pohlavním výběru: studie modelových druhů ryb
Řešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

Vliv zvýšeného kontaktu s člověkem na diverzitu a ekologii jednobuněčných parazitů afrických lidoopů
Spoluřešitel: Mgr. Klára Petrželková, Ph.D.

Immunogenetické studium hybridní zóny myší domácích (2008-2012)
Řešitel: prom. biol. Jaroslav Piálek, CSc.

Složky pohlavního výběru monogamního kura koroptve polní
Spoluřešitel: doc. Mgr. Tomáš Albrecht, Ph.D.

Ekologický význam set-aside a kulturních zemědělských plodin pro drobné savce agrocenóz
Řešitel: Mgr. Eva Jánová, Ph.D.

Vnitrodruhová variabilita populací dvou kryptických druhů netopýrů rodu Pipistrellus ve střední Evropě (2006-2008)
Spoluřešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Reprodukčně izolační mechanismy u ryb rodu Nothobranchius (Aplocheilidae)
Řešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

Genetická struktura populací tetřívka obecného v České republice (2006-2008)
Řešitel: Ing. Jana Svobodová, Ph.D.

Genetika (2006-2008)
Řešitel: prom. biol. Jaroslav Piálek, CSc.

Fenotypová plasticita termálně fyziologických znaků u čolků (2006-2008)
Řešitel: Mgr. Lumír Gvoždík, Ph.D.

Nálevníci rodu Troglodytella: patogeny nebo endosymbionti? Nový přístup k veterinární péči a pochopení trávení u lidoopů
Řešitel: Mgr. Klára Petrželková, Ph.D.

Význam lišky obecné v různých typech ekosystémů střední Evropy (2006-2008)
Řešitel: prof. Ing. Jaroslav Červený, CSc.

Mimopárové paternity a síla sexuální selekce u sociálně monogamního pěvce
Řešitel: doc. Mgr. Tomáš Albrecht, Ph.D.

Genetická, populační a reprodukční variabilita invazní ryby, Carassius
Řešitel: Ing. Lukáš Vetešník, Ph.D.

Evolučně ekologická analýza biologických systémů: výzkumné centrum DSP
Řešitel: Ing. Pavel Jurajda, Dr.

Parazitismus a invazní druhy: vliv parazitárního napadení na biologii Neogobius kessleri v původní a nepůvodní oblasti rozšíření
Řešitel: Mgr. Markéta Ondračková, Ph.D.

Význam tahové konektivity pro populační ekologii dálkových migrantů - modelová studie na rákosníku obecném (Acrocephalus scirpaceus)
Řešitel: RNDr. Petr Procházka, Ph.D.

An investigation and comparison of fluorescent activity among three classes of bast: naive, presumed survivors, and European (2012-2013)
Řešitel: Mgr. Natália Martínková, Ph.D.

Monitoring velkých šelem v EVL Beskydy
Řešitel: prof. RNDr. Petr Koubek, CSc.

Genetická struktura populací perlorodky říční v České republice (2009-2010)
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Reproductive isolating mechanisms in Nothobranchius annual fishes - the roles of mate choice, ecological divergence and vicariance
Řešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

Specializace a evoluce hostitelsky specifických linií u hořavky duhové
Spoluřešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

The possible roles of ciliate Troglodytella abrassarti in chimpanzee hind gut fermentation
Řešitel: Mgr. Klára Petrželková, Ph.D.

EDENext: Biologie a kontrola infekcí přenášených vektory v Evropě
Řešitel: prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.

EuroWestNile (European West Nile Collaborative Project)
Řešitel: prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.

Workshop - Využití genetických zdrojů k efektivní ochraně ohrožených druhů (2010-2012)
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

VBORNET (European Network for Arthropod Vector Surveillance for Human Public Health)
Řešitel: prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.

Inventarizace molekulární biodiverzity ichtyofauny České republiky
Řešitel: Mgr. Jan Mendel, Ph.D.

Marie Curie research training network SEXASEX Sex to asex: a case study on transitions and coexistence between sexual and asexual reproduction (2006-2008)
Spoluřešitel: prof. RNDr. Jan Zima, DrSc.

Marie Curie intra-European fellowship PHYLOMICROTUS (2006-2008)
Řešitel: Mgr. Natália Martínková, Ph.D.

Models for assesing and forecasting the impact of environmental key pollutants on marine and freshwater ecosystems and biodiversity
Spoluřešitel: Ing. Pavel Jurajda, Dr.

A multidisciplinary study of hybrid zones in the common shrew (2004-2007)
Řešitel: prof. RNDr. Jan Zima, DrSc.

Emerging diseases in a changing European environment
Spoluřešitel: prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.

Intengrated consortium on ticks and tick-borne diseases
Spoluřešitel: prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.

Drobní savci: význmamný faktor v procesu obnovy lesních porostů
Řešitel: RNDr. Miloslav Homolka, CSc.

Vývoj nových metod chovu vybraných perspektivních akvakulturních druhů s využitím netradičních technologií (2007-2011)
Řešitel: Ing. Miroslav Prokeš, CSc.

Vývoj nových technologií odchovu hospodářsky významných říčních druhů ryb a raků ohrožených degradací přírodního prostředí (2003-2007)
Řešitel: Ing. Miroslav Prokeš, CSc.

Harmonizace s EU v uplatňování principů farmakovigilance v akvakulturních chovech v ČR
Řešitel: Ing. Miroslav Prokeš, CSc.

Zjištění chybějících údajů o biologii a ekologii vydry říční: vytvoření modelu vývoje populace (2008-2010)
Řešitel: Mgr. Petra Hájková, Ph.D.

Biologické a ekologické nároky ryb-určující faktory funkčnosti rybích přechodů
Řešitel: doc. ing. Stanislav Lusk, CSc.

Biodiverzita ryb v oblasti soutoku Moravy a Dyje - podpora a stabilizace populací vzácných a ohrožených druhů
Řešitel: Ing. Karel Halačka, CSc.

Genetická diverzita ohrožených druhů ryb-nezbytný základ efektivní ochrany biodiverzity
Řešitel: Mgr. Jan Mendel, Ph.D.

Projekt: „Integrace experimentální a populační biologie pomocí nových metod v mezioborové problematice - cesta k excellenci s mladými vědci“, (reg.č.: CZ.1.07/2.3.00/30.0048)
Řešitel: doc. RNDr. Martin Reichard, Ph.D.

Věda všemi smysly (2012-2014)
Řešitel: Mgr. Anna Bryjová

NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

PROVAZ: PROpojení Vzdělávání A nových přístupů v Zoologicko-ekologickém výzkumu - od teorie k praxi
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

TTM - Transfer znalostí a technologií ve vybraných regionech - aplikace evropského vzdělávacího modelu
Spoluřešitel: Ing. Miroslav Čapek, CSc.

Ochranářská genetika vybraných obratlovců západního Balkánu (2008-2009)
Řešitel: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Změny biodiversity komárů - vektorů patogenních agens, v souvislosti se změnami klimatu (2008-2011)
Řešitel: RNDr. Jiří Halouzka, Ph.D.

Gastrointestinální nálevníci a jejich úloha při trávení lidoopů
Řešitel: Mgr. Klára Petrželková, Ph.D.

Ichtyoparazitologie-centrum základního výzkumu
Spoluřešitel: Ing. Pavel Jurajda, Dr.

Centrum pro biodiverzitu (2005-2011)
Spoluřešitel: prof. RNDr. Jan Zima, DrSc.