Od svého založení v roce 1990 rozvíjí Filozofický ústav AV ČR samostatnou ediční činnost ve vlastním nakladatelství FILOSOFIA. Mimo původní práce zde vycházejí i sborníky ze sympozií a vědeckých konferencí pořádaných (většinou se zahraniční účastí a ve spolupráci s jinými vědeckými institucemi) Filozofickým ústavem AV ČR. Do edičního programu jsou zařazovány také české překlady závažných textů novodobé filozofie i další filozofická literatura potřebná pro výuku vysokoškolských pracovišť. Významné práce z historie českého myšlení přináší ediční řada Studie a prameny k dějinám myšlení v českých zemích. Ediční řada Filosofie a sociální vědy se zaměřuje na transdisciplinární zkoumání na pomezí současné politické, sociální a morální filosofie na jedné straně a politologie, sociologie a dalších sociálních věd na straně druhé. Řadu malých monografií významných myslitelů současnosti představuje edice Parva philosophica. Řada The Logica Yearbook obsahuje příspěvky z každoročního mezinárodního sympozia Logica a mezinárodního kolokvia o filozofické logice. Publikace mj. přinášejí výsledky původního významu v oblasti filozofické logiky prezentované v České republice. V edici Základní filozofické texty jsou publikovány práce významných klasiků i soudobých zahraničních autorů, jejichž překlady připravují pracovníci Filozofického ústavu AV ČR.
