Laboratoř ekologické fyziologie rostlin se zabývá studiem fyziologických procesů rostlin v měřítku od aktivity vybraných enzymů, přes procesy na úrovni individuálních orgánů rostlin (kořeny, kmen, listoví), až po úroveň celkových toků energií a látek mezi ekosystémy a atmosférou. Tyto procesy jsou studovány se zvláštním důrazem na produkční aktivitu pod vlivem měnících se podmínek životního prostředí.
Vzhledem ke stálému zesilování skleníkového efektu v posledních desítiletích, který je spojen zejména s nárůstem koncentrace CO2 v ovzduší, vyvstala otázka, do jaké míry budou zelené rostliny a celé ekosystémy schopny plnit roli tzv. uhlíkové pumpy. To znamená, do jaké míry budou schopny vázat CO2 během fotosyntézy a ukládat tak uhlík ve své biomase či půdě, a tím napomoci snížit riziko globální změny klimatu. Cílem výzkumu Laboratoře tedy je ocenit kapacitu různých typů ekosystémů pro ukládání uhlíku a navrhnout taková opatření při obhospodařování krajiny, která povedou ke zvyšování těchto zásob.
Zabýváme se reakcemi rostlin nejen v podmínkách současného klimatu, ale zároveň zkoumáme změny jejich růstu v podmínek budoucího složení atmosféry. V areálu Experimentálního ekologického pracoviště Bílý Kříž v Moravskoslezských Beskydech za pomoci zařízení zvaného lamelová sféra kultivujeme rostliny v atmosféře obsahující dvojnásobnou koncentraci CO2 v porovnání se současnými hodnotami. Na základě celoevropských projektů, které jsou na Bílém Kříži řešeny (CarboEurope, CARBOMONT, MERCI), je Česká republika zařazena do mezinárodní sítě pro monitorování toků CO2.